Z. Skujiņa uzskati un inteliģences pamats sāka veidoties jau starpkaru periodā un kara laikā. Rakstnieks debitēja 20. gs. 50. gadu sākumā un popularitāti guva t. s. Ņikitas Hruščova “atkušņa” laikā, Z. Skujiņš allaž meklēja jaunus mākslinieciskās izteiksmes līdzekļus un neierastu skatpunktu, saistot dažādu vecumu un interešu lasītāju un kritikas uzmanību gan savas valodas telpā, gan tulkojumos ārzemēs. Jau 60. un 70. gados viņa literāro devumu augstu novērtēja arī Anšlavs Eglītis, Velta Toma, Jautrīte Saliņa u .c. trimdas rakstnieki un kritiķi. Viņš ir viens no populārākajiem un visvairāk tulkotajiem latviešu rakstniekiem.
Z. Skujiņš īpaši kopa noveles žanru, kur saplūst gan vēsturiskas situācijas un personas, gan iztēles radīti tēli. Nozīmīgāko darbu vidū minams cikls “Nedokumentāli stāsti”, kas apkopo noveles “Sapņi” (1965), “Ar puķi pie cepures” (1967/1986), “Novele par Čingizhana zirgu” (1967), “Iesaldētais cilvēks” (1967), “Gladiatori” (1970), “Pietà” (1972), “Neikens iet uz Roperbeķiem” (1973), “Sunākstes elēģija” (1976), “Dubultfantāzija” (1985) un “Sātana eņģelis” (1996), kā arī “Dzimtene” (1967), “Karjera” (1969), “Gladiatori” (1970), “Zirgs uz sienas” (1971), “Saprātīgie lauvas” (1987) un “Dieva Dēla dēls” (1991). Daudzās novelēs aptvertas latviešu pēckara prozā iepriekš neskartas tēmas: brāļu cīņas, ceļš no romantiska ideālista līdz vandalim un slepkavam, trimdinieku likteņi.
70. gadu nozīmīgākais Z. Skujiņa romāns ir “Kailums” (1970), kuru, kā rakstīja G. Berelis, raksturo svaiga un līdz tam latviešu prozā neizmantota darbojošos personu koncepcija; tās neseko kādai uzmācīgi “pareizai” idejai, nepieder arī pie “negatīvajiem varoņiem”, taču godīgi spēlē savas lomas tekstā.
Vērienīgajā un ārkārtīgi populārajā romānā “Gulta ar zelta kāju” (1984), kā atzina Inguna Sekste, “rakstnieks akcentē spilgtus, karstasinīgus raksturus, kuros kā mezglapunktos sarit vēsturisko notikumu slāņi. Rezultātā veidojas kaleidoskopiska, bet daudzveidīga tautas dzīves panorāma un rodas vitālas un dzīvotspējīgas tautas koptēls”.
“Miesas krāsas domino” (1999) ir darbs par latviešu nācijas veidošanos un likteni vēsturisku notikumu gaismā, ko pilnskanīgā un ironiskā mistifikācijā vērš gadsimta un tūkstošgades beigu izjūtas un pārdomas un kura aizmetņi jaušami 60.–80. gadu novelēs.
Daudzi Z. Skujiņa darbi veltīti Latvijai nozīmīgām personām: luga “Brunču medības” (1972, Jānim Šteinhaueram), luga “Sveiks, mīļais Blaumani!” (1978, Rūdolfam Blaumanim), noveles “Neikens iet uz Roperbeķiem” (Jurim Neikenam), “Sunākstes elēģija” (Vecajam Stenderam), “Sātana eņģelis” (Aspazijai), esejas “Nodzisusī seja jeb Izmeklēšana Jēkaba Māsēna lietā” (1977, Jēkabam Māsēnam), “Mans Eriks Ādamsons” (1982, Erikam Ādamsonam) un citi. Romāns “Siržu zagļa uznāciens” (2001) vēsta par R. Blaumani un 20. gs. 50.–60. gadu radošo sabiedrību un procesiem.
Z. Skujiņa romānos bieži kā prototipi tēlotas zināmas personas. Memuāru grāmatās “Sarunas ar jāņtārpiņiem” (1992), “Jātnieks uz lodes” (1996), “Aplikācija par rakstnieku un laikmetu” (2018), arī "Rakstu" komentāros portretēti daudzi laikabiedri (Gunars Janovskis, Ē. Vilks, I. Ziedonis, Alberts Bels, Māris Čaklais un citi). Z. Skujiņa esejas ir laikmeta liecība, kas asredzīgi un nesaudzīgi tēlo portretējamo dzīves profesionālo pusi un privāto motivāciju. Z. Skujiņš spilgti un detalizēti iemūžināja Rīgu un rīdziniekus.
Vienlīdz nozīmīgs ir rakstnieka devums gan t. s. stagnācijas periodā, gan pēc valstiskās neatkarības atgūšanas. 90. gados tapušie stāsti par mūsdienu Latviju raksturo inteliģences dzīvi neatkarības periodā.