Voldemārs Maldonis bija ievērojams luterāņu teologs un izglītības darbinieks, viņš piedalījās LU Teoloģijas fakultātes dibināšanā. Vadīdams Sistemātiskās teoloģijas katedru, viņš fakultātē nostiprināja liberālās teoloģijas tradīciju un veicināja topošo latviešu teologu interesi par reliģijas fenomenoloģiju.

No 1878. līdz 1881. gadam V. Maldonis mācījās Tirzas pagasta skolā, no 1881. līdz 1884. gadam – Tirzas draudzes skolā. No 1885. līdz 1886. gadam viņš mācījās Vecpiebalgas draudzes skolā. 1886. gada vasarā V. Maldonis apguva krievu valodu Kārzdabas pareizticīgo draudzes skolas vasaras kursos un tā paša gada rudenī mācījās Liezēres draudzes skolā. Viņš uzsāka mācības arī Cēsu pilsētas skolā, kuru pabeidza 1889. gadā. Šo skolu beidzot, viņš sekmīgi nokārtoja pārbaudījumu privātās pirmmācības skolas skolotāja tiesību iegūšanai. 1895. gadā V. Maldonis, sekmīgi nokārtojot pārbaudījumus, ieguva Rīgas Aleksandra zēnu ģimnāzijas gatavības apliecību.

07.09.1895. V. Maldonis uzsāka studijas Tērbatas Universitātes (tagad Tartu Universitāte, Tartu Ülikool) Teoloģijas fakultātē, kur ar pārtraukumiem studēja līdz 1900. gadam. 18.12.1900. Tērbatas Universitātes padome apstiprināja V. Maldonim piešķirto Teoloģijas fakultātes absolventa diplomu. Pēc ilgāka pārtraukuma viņš turpināja izglītoties. Studiju laikā V. Maldonis pievienojās studentu korporācijai “Lettonia”. 20. gs. 20. gados kļuva par studenšu korporācijas “Daugaviete” un studentu korporācijas “Beveronija” goda filistru. No 1919. līdz 1921. gadam viņš klausījās dažādus studiju kursus Marburgas Universitātē (Universität Marburg) un strādāja pie doktora darba filozofijā “Šleiermahera sociālpedagoģijas filozofiskais pamats” (Die philosophische Grundlagen der Sozialpädagogik Schleiermachers). Pēc sekmīgas darba aizstāvēšanas un doktora eksāmenu nokārtošanas 18.03.1921. V. Maldonim tika piešķirts filozofijas doktora grāds.

No 01.06.1889. līdz 30.06.1892. V. Maldonis strādāja par palīgskolotāju Blomes pamatskolā un no 01.07.1892. līdz 01.07.1895. – Rīgas Torņakalna pilsētas pirmmācības skolā. Uz laiku pārtraucot studijas Tērbatā, viņš 1896. gadā strādāja Valmieras luterāņu mācītāja Jāņa Neilanda mājas skolā un no 1899. gada novembra līdz 1900. gada februārim – par mājskolotāju papīrfabrikas Hochenfichte īpašnieka Leo fon Šablovska (Leo von Schablowski) ģimenē.

Pēc Tērbatas Universitātes pabeigšanas atgriežoties Rīgā, V. Maldonis 1901. gadā nodibināja I šķiras sieviešu privātskolu – Rīgas sieviešu ģimnāziju. Tajā viņš līdztekus direktora pienākumiem darbojās arī kā skolotājs. 1909. gadā V. Maldonis atstāja direktora vietu un ģimnāziju pameta, jo vēlējās kļūt par mācītāju. Jau 1908. gada novembrī viņš bija pieteicies par kandidātu Rīgas Jāņa baznīcas virsmācītājam Ernestam Bernevicam. Tā kā Vidzemes konsistorija piekrita saīsināt V. Maldoņa kandidāta gadu, 30.06.1909. notika viņa ordinācija mācītāja amatā.

No 12.11.1909. līdz 03.12.1912. V. Maldonis bija mācītājs Lubānas draudzē, bet no 04.12.1912. kļuva par Cēsu Svētās Jāņa draudzes mācītāju. Šajā draudzē viņš kalpoja līdz 06.11.1919. Lai labāk sagatavotos baznīcas iekšmisijas uzdevumiem, V. Maldonis apceļoja Vāciju, Austriju, Šveici un Itāliju un iepazinās ar šo valstu kristīgo kopienu pieredzi slimnieku, nabadzīgo un gados veco cilvēku aprūpē. Pildot mācītāja amata pienākumus, V. Maldonis turpināja būt arī skolotājs un mācīja reliģiju Kristīnes Apkalnes privātajā sieviešu ģimnāzijā, Longīna Ausēja zēnu reālskolā un Cēsu pilsētas skolā.

Pirmā pasaules kara laikā V. Maldonis darbojās Cēsu bēgļu apgādāšanas komitejā, kā arī Latviešu strēlnieku organizācijas komitejā. 1917. gadā viņu ievēlēja par Vidzemes Pagaidu zemes padomes prezidija locekli. V. Maldonis iestājās arī jaundibinātajā Latviešu Zemnieku savienībā. 1918. gada beigās lielinieki viņu apcietināja un veda preču vagonā uz Pleskavu. Pēc veiksmīgas bēgšanas no apcietinājuma V. Maldonis pameta Latviju un devās uz Vāciju. Pēc dažiem studiju mēnešiem Marburgas Universitātē viņš 1919. gadā atgriezās Latvijā un aktīvi iesaistījās Latvijas Evaņģēliski luteriskās baznīcas (LELB) reorganizācijā, 26.09.1919. kļūstot par Vidzemes konsistorijas viceprezidentu. Šo amatu viņš atstāja 1921. gadā, tā protestējot pret Latvijas Pagaidu valdības lēmumu par Jēkaba baznīcas nodošanu Romas katoļu baznīcai. LELB vadībā V. Maldonis atgriezās tikai pēc vairāk nekā desmit gadiem, kad 1934. gadā kļuva par tās Virsvaldes locekli.

No 1899. gada līdz 1941. gadam V. Maldonis darbojās Rīgas Latviešu biedrības Zinību komisijā, kur tika atkārtoti ievēlēts par komisijas vadītāju (1902–1903, 1907–1908). V. Maldonis bija arī Literatūras fonda vadītājs un viens no Konversācijas vārdnīcas izdošanas iniciatoriem.

Viens no nozīmīgākajiem V. Maldoņa devumiem bija līdzdalība LU dibināšanā. Viņš aktīvi piedalījās LU Organizācijas komisijas darbā un kopā ar mācītājiem Kārli Beldavu un Kārli Kundziņu iesniedza lūgumu Izglītības ministrijai par Teoloģijas fakultātes dibināšanu LU. 28.01.1920. ar izglītības ministra rīkojumu V. Maldoni apstiprināja par Teoloģijas fakultātes pagaidu dekānu. 04.02.1920. viņš atklāja fakultātes darbību ar lekciju “Reliģijas sociālā vajadzība, attaisnojums no psicholoģijas viedokļa un attīstības gaita”. 26.04.1920. V. Maldonis tika iecelts par docentu, 01.04.1921. – par vecāko docentu, bet 20.12.1922. viņš kļuva par profesoru. Vairākkārt bija fakultātes dekāns. V. Maldonis vadīja Sistemātiskās teoloģijas katedru un lasīja kursus reliģijas psiholoģijā, reliģijas filozofijā, dogmatikā, ētikā, reliģijas filozofijas un ētikas vēsturē un jaunāko laiku dogmatikas vēsturē. V. Maldonis bija arī Teoloģijas fakultātes žurnāla “Ceļš” redkolēģijas loceklis (1935–1940).

1938. gadā LU V. Maldonim piešķīra goda doktora grādu teoloģijā (Dr. theol. hon. causa).

1924. gadā V. Maldonim goda doktora grādu piešķīra Prāgas Kārļa Universitātes Husa Teoloģijas fakultāte (Husitská teologická fakulta Univerzity Karlovy). No 1925. līdz 1940. gadam V. Maldonis darbojās “Latvijas-Čehoslovākijas kulturēlās tuvināšanās biedrībā” un bija tās pirmais vadītājs.

Pēc padomju okupācijas Latvijā 17.06.1940. V. Maldoni atlaida no darba LU. Viņš bija spiests doties pensijā.

V. Maldonis savos nozīmīgākajos darbos pievērsās reliģijas būtības un tās galvenā elementa – svētuma jeb svētbijības – skaidrojumam un tā izpausmes īpatnībām latviešu reliģiskajos pārdzīvojumos (“Poruka reliģija”, 1922, “Poruka ētikas problēmi”, 1923, “Dievs, der Gott der lettischen Volkstraditionen”, 1935, “Nācionālie un internācionālie elementi reliģijā”, 1937). Nozīmīgs ir viņa ieguldījums latviešu teoloģijas un tās terminoloģijas veidošanā, piemēram, darbā “Evaņģeliskā dogmātika” (1939).

V. Maldoņa zinātniskās darbības nozīmīgākais devums ir latviešu reliģisko un ētisko uzskatu, kā arī latviskā jeb nacionālā un kristīgā jeb internacionālā elementa mijiedarbības izpēte latviešu rakstnieku, īpaši Jāņa Poruka, darbos un tautasdziesmās. V. Maldonis bija pirmais, kurš savos pētījumos sistemātiski izmantoja reliģijas fenomenoloģijas pamatatziņas un pētniecības pieeju. Nozīmīgs ir viņa ieguldījums LU un tās Teoloģijas fakultātes izveidē, latviešu luterāņu teologu sagatavošanā, kā arī dažādu reliģijas terminu latviskošanā.

V. Maldonis ir saņēmis vairākus augstus apbalvojumus: 1927. gadā – Triju Zvaigžņu ordeni (III šķira), Zviedrijas Gustava Vāsas ordeņa komandiera krustu (II šķira) un Čehoslovākijas Baltās Lauvas ordeni, 1929. gadā – Krišjāņa Barona prēmiju.