Jānis Puksis starpkaru periodā ieņēma atbildīgus ierindas amatus Jātnieku pulkā, bet pēc augstākās militārās izglītības iegūšanas 20. gs. 30. gadu otrajā pusē bija Armijas Apmācības daļas priekšnieks un Augstākās kara skolas vecākais mācībspēks, vairākus gadus – militārā resora mēnešraksta galvenais redaktors.

J. Puksis dzimis māju nomnieka (arendatora) Jāņa un Karlīnes (dzimusi Balode) ģimenē. Kristīts Ēveles evaņģēliski luteriskajā draudzē. Bērnībā ģimene pārcēlās uz īpašumā iegādātajiem Jērcēnu pagasta Muižzemniekiem. 06.1915. J. Puksis beidza Priekuļu lauksaimniecības skolu. 07.01.–14.05.1917. mācījās un beidza Ziemeļu frontes kājnieku praporščiku sagatavošanas skolu Gatčinā. 01.1922. beidza pedagoģijas metodiskos kursus. 19.10.1924.–07.09.1925. mācījās un ar I šķiru beidza Latvijas armijas Virsnieku kursus, 02.12.1929.–31.08.1930. – ar I šķiru Virsnieku kursus, 28.05.–19.06.1934. strēlniecības kursus, 30.10.1934.–21.01.1937. mācījās un “ļoti sekmīgi” beidza Augstāko kara skolu.

Precējies 1924. gadā ar Vilmu Ozoliņu, šķīries tajā pašā gadā; otrreiz precējies 1930. gadā ar Kristīni Blauu, dēli Jānis Ojārs, Imants; pēc Otrā pasaules kara ģimene dzīvoja Valmierā.

Pirmā pasaules kara laikā J. Puksis 28.05.1915. mobilizēts Krievijas armijā. No 11.1915. dienēja saformētajā Latviešu strēlnieku rezerves bataljonā Tērbatā (tagad Tartu Igaunijā, no 08.1916. izvietots Vidzemē, Valmieras apkārtnē; 12.1916. pārformēts par pulku). Pēc praporščiku sagatavošanas skolas beigšanas no 14.05.1917. virsnieks (praporščiks) Latviešu strēlnieku rezerves pulkā Vidzemē, no 26.06.1917. – 6. Tukuma latviešu strēlnieku pulkā frontē, 1. rotas jaunākais virsnieks. Piedalījās 09.1917. kaujās pie Mazās Juglas un Peļņu mājām Mores pagastā, Vidzemē. Pēc lielinieku apvērsuma par pretošanos rīkojumam atstāt fronti 14.11.1917. pēc pulka komitejas rīkojuma apcietināts, ievietots Valmieras cietumā. 21.11. atbrīvots. 10.12.1917. pēc paša vēlēšanās ar 12. armijas štāba pavēli nosūtīts uz Daugavpils kara apgabala virsnieku rezervi Vitebskā (ieradās 18.12.). 07.01.1918. slimības dēļ evakuēts uz 243. kara hospitāli, 11.01.1918. ārstu komisija piešķīra četru mēnešu atvaļinājumu veselības uzlabošanai. Dzīvoja Petrogradā, 18.01.1917. piedalījās Satversmes sapulces aizstāvēšanā, pēc tam 22.01.1917. ieradās Valkas apriņķa kara priekšnieka rīcībā. Drīz pēc tam atgriezās Vitebskā, 15.02. Latvju Kareivju nacionālās savienības Vitebskas nodaļas uzdevumā devās atpakaļ uz Vidzemi, lai veidotu latviešu karavīru grupas. 24.02.1918. Valkā krita ienākušo Vācijas armijas vienību gūstā. 24.03.1918. pēc pārbaudes atbrīvots. Viņam atļāva dzīvot Strenčos vietējā vācu komandanta uzraudzībā. 22.06.1918. no tās atbrīvots, dzīvoja pie vecākiem Jērcēnu pagasta Muižzemniekos. Ienākot Sarkanajai armijai, 12.1918. devās uz Rīgu, no turienes – uz Jelgavu.

06.01.1919. brīvprātīgi iestājās Latvijas Pagaidu valdības bruņotajos spēkos (leitnants), Jelgavas brīvprātīgo rotas jātnieku posmā. Pēc atkāpšanās uz Kurzemi 24.01. posma sastāvā iedalīts 1. Atsevišķā latviešu bataljona Atsevišķajā jātnieku nodaļā frontē. Piedalījās kaujās ar Padomju Latvijas armiju. 07.02.1919., kad bataljons bija spiests atstāt Lēnu muižu, ar diviem kareivjiem zem stipras uguns noskaidroja ienaidnieka atrašanās vietu, dodams iespēju bez zaudējumiem muižu atgūt, bet 12.02. pie Tukuma muižas noteica pārcelšanās vietu pāri Ventai, pirmais forsēja upi, ienaidnieka aizmugurē noskaidroja tā grupējuma dislokāciju, kā rezultātā izlūki ar informāciju atgriezās bez zaudējumiem (11.1921. par to apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni). 18.04.1919. komandēts uz Jelgavu, 19.04. iedalīts jaunizveidotajā 1. latviešu atsevišķās brigādes jātnieku eskadronā, vada komandieris. 15.05.1919. eskadrons kā 3. eskadrons iekļauts jaunizveidotajā 1. kavalērijas divizionā, pildīja sardžu dienestu Rīgas jūrmalā, no 06.07. – Pārdaugavā Rīgā. 06.08.1919. eskadrons iekļauts Latgales divīzijā kā Latgales atsevišķais eskadrons, 28.10. – par Latgales atsevišķo eskadronu. 08.10.–16.12. piedalījās kaujās ar Pāvela Bermonta (Павел Рафаилович Бермондт-Авалов) spēkiem Rīgas aizstāvēšanas kaujās un Zemgalē, no 01.1920. Latgales frontē. Virsleitnants (18.12.1919.; par kaujas nopelniem 10.10.1919., atkāpšanās laikā no Bulduru tilta uz Mīlgrāvi un pārceļoties pāri Daugavai). 20.01.1920. izsituma tīfa dēļ ievietots Latvijas Kara slimnīcā Rīgā. 18.02.1920. piešķirts atvaļinājums veselības uzlabošanai, 04.06. atgriezās eskadronā frontē no šī atvaļinājuma. Pēc Latvijas Neatkarības kara eskadrons piedalījās robežas apsardzībā. 07.04.1921. pēc eskadrona izformēšanas iedalīts Jātnieku pulkā Daugavpilī, 4. eskadrona komandieris. Kapteinis (10.04.1921.). 14.01.1921. atcelts no eskadrona komandiera amata, 1. eskadrona vada komandieris (pēc konflikta ar pulka komandieri Vilhelmu Kārkliņu), no 01.06.1922. – sapieru spridzinātāju komandas priekšnieka vietas izpildītājs, no 14.07.1922. – 5. eskadrona komandieris. Pēc atgriešanās no Virsnieku kursiem 07.09.1925. atgriezās 5. eskadrona komandiera amatā, 01.10.1925. iecelts par ložmetēju eskadrona komandieri. No 04.12.1928. bija 2. diviziona komandieris. Pulkvedis-leitnants (07.06.1929.). No 15.11.1930. pulka saimniecības priekšnieks, no 02.10.1933. – 2. diviziona komandieris. 08.1928. kandidēja Daugavpils pilsētas domes vēlēšanās no Karavīru un Daugavpils latvju pilsoņu kandidātu saraksta (netika ievēlēts), 09.1931. kandidēja Saeimas vēlēšanās no Latgales latviešu un zemes arāju saraksta (netika ievēlēts). Vairākkārt piedalījās starptautiskās jāšanas sacensībās, gūstot godalgas. Pēc Augstākās kara skolas beigšanas no 21.01.1938. šīs skolas kara zinību mācībspēks. 30.06.1938. iecelts par Armijas štāba Apmācības daļas priekšnieku. 09.1938.–06.1939. arī Militārās literatūras apgādes fonda (faktiski Armijas štāba) žurnāla (mēnešraksta) “Militārais Apskats” galvenais redaktors, arī pats šajā izdevumā rakstīja par militāriem un militārās vēstures jautājumiem (Liepājas ieņemšana 1915. gadā, jātnieku vienības 1919. gadā u. c.). 20.–26.03.1939. armijas vadības delegācijas sastāvā komandējumā Somijā (Helsinkos un Tamperē). 21.12.1939. iecelts par Augstākās kara skolas vecāko kara zinību mācībspēku. 03.–27.05.1940. skolas priekšnieka vietas izpildītājs. Bija piešķirta jaunsaimniecība Jērcēnu pagastā.

Pēc valsts okupācijas 27.09.1940. pārskaitīts Sarkanās armijas 24. teritoriālajā strēlnieku korpusā, 183. strēlnieku divīzijas 20. kavalērijas pulka komandieris. 26.05.1941. Jelgavā apcietināts, izvests uz cietumu Maskavā. 18.07. Maskavā Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Augstākās tiesas kara kolēģija bijušās Latvijas armijas augstāko virsnieku grupas sastāvā piesprieda nāvessodu nošaujot.

Pieredzējis Pirmā pasaules kara kājnieku un jātnieku dienesta kaujas virsnieks J. Puksis starpkaru periodā ieņēma atbildīgus ierindas amatus Jātnieku pulkā, bet 20. gs. 30. gadu otrajā pusē bija Armijas Apmācības daļas priekšnieks (tieši atbildīgs par visu karaspēka daļu karavīru un virsnieku apmācīšanas pārraudzīšanu valsts aizstāvēšanai). Bija ar ievērojamām dienesta perspektīvām un Augstākās kara skolas vecākais mācībspēks, vairākus gadus bija militārā resora mēnešraksta galvenais redaktors.

J. Pukša vārds ierakstīts dzīvesbiedres kapa plāksnē Valmieras Centra kapos, ģimenes kapu vietā.

Par varonību Krievijas armijas latviešu strēlnieku vienību kaujās pie Mazās Juglas un Peļņu mājām 09.1917. apbalvots ar Svētā Staņislava ordeni (III šķira, ar šķēpiem), Svētā Jura krustu (IV šķira, apbalvojuma virsnieku versija); par kaujas un dienesta nopelniem Latvijas armijā apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni (III šķira), Triju Zvaigžņu ordeni (IV šķira), Viestura ordeni (III šķira, ar šķēpiem), Aizsargu Nopelnu krustu, Lietuvas neatkarības 10 gadu jubilejas piemiņas medaļu.