Jaunapustuliskā baznīca ir hierarhiska. To vada apustuļi, kuru priekšgalā ir pirmapustulis, kas pats nozīmē savu pēcteci. Ja viņš to nav izdarījis, tad pēcteci ievēl apgabala apustuļu sanāksme aizklātā balsojumā ar 2/3 balsu vairākumu. Baznīcas teoloģijā tiek uzskatīts, ka pirmapustulim ir apustuļa Pētera pilnvaras. Viņš ir atbildīgs par baznīcas mācības saglabāšanu un tās tālāku attīstību. Apustuļu skaits nav ierobežots, un mūsdienās viņu ir vairāk nekā trīs simti. Apustuļu palīgi ir bīskapi. Zemāk hierarhijā ir tie, kuri pilda priesterisko (ar dažādiem amatu nosaukumiem atkarībā no funkcijas) un diakonālo kalpošanu. Diakoni var sludināt, bet nedrīkst kristīt, pasludināt grēku piedošanu vai konsekrēt svēto vakarēdienu. Svētā Gara kristību drīkst izpildīt tikai apustuļi.
Jaunapustuliskajā baznīcā nav prasības, ka garīdzniekiem jābūt ar teoloģisko izglītību. Konfesionālu mācību iestāžu vietā pastāv apmācību kursi, un svētrunu kvalitāti baznīca cenšas uzlabot, izdodot palīgmateriālus garīdzniekiem. Sprediķi lielākoties ir celsmīga, nevis ekseģētiska rakstura. Liturģija ir līdzīga protestantu brīvbaznīcu vienkāršajai dievkalpojumu kārtībai. Garīdznieki neģērbj amata tērpus, bet melnus uzvalkus un baltu kreklu ar melnu kaklasaiti. Jaunapustuliskās baznīcas liturģijā 21. gs. ieviesti jauninājumi, kas to padara svinīgāku un daudzveidīgāku, – Bībeles lasījumi baznīcas svētkiem, grēku nožēlas dziesma pirms svētā vakarēdiena, biķeru atsegšana un aizsegšana kā atsevišķa, redzama darbība, papildināts svētā vakarēdiena iesvētīšanas teksts un klusuma brīži starp šī teksta daļām. Svētajā vakarēdienā šīs baznīcas locekļi bauda oblātes (neraudzētas maizes ripiņas), kas apslacītas ar trim vīna pilieniem. Šādu praksi ieviesa pirmapustulis Hermans Nīhauss (Hermann Niehaus) 1917. gadā. Pirms tam svētajā vakarēdienā atsevišķi tika pasniegta maize un vīns. Šis sakraments tiek svinēts katru svētdienu un ir atvērts visiem kristiešiem. Baznīca kristī zīdaiņus un praktizē arī iesvētības (ar līdzīgu nozīmi kā protestantisma novirzienos). Tā aktīvi nodarbojas ar misionārismu, galvenokārt izmantojot draudzes locekļu personiskos kontaktus.