Teātra darbība aizsākās Otrā pasaules kara laikā, kad 1942. gadā frontes aizmugurē Ivanovā (Krievijas Padomju Federatīvā Sociālistiskā Republika, KPFSR), tur pārceltā Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Valsts mākslas ansambļa ietvaros tika organizēta leļļinieku grupa dzejnieces Mirdzas Ķempes un rakstnieka, tulkotāja Jāņa Žīgura vadībā. Leļļu ansamblis sniedza izrādes uz KPFSR evakuētajiem latviešu bērniem un karavīriem.

Pirmā izrāde pēc atgriešanās Latvijā notika 1944. gada 3. oktobrī Daugavpilī. Nākamajā dienā – 4. oktobrī – tik izdota LPSR Mākslas lietu pārvaldes pavēle par profesionāla valsts teātra statusa piešķiršanu leļļu ansamblim. Kopš 1944. gada 7. novembra teātris atrodas un darbojas Rīgā.

Darbības pirmajā desmitgadē teātris M. Ķempes (pirmā mākslinieciskā vadītāja no 1944. līdz 1946. gadam) un J. Žīgura (pirmais direktors no 1944. līdz 1948. gadam; vēlāk arī no 1956. līdz 1963. gadam) vadībā orientējās tikai uz izrādēm bērnu auditorijai.

Leļļu teātrī kopš 1946. gada darbojās arī krievu trupa. Teātra darbības sākumposmā strādāt sāka plejāde talantīgu mākslinieku, kuri ilgus gadus veidoja teātra radošo seju: režisors Arnolds Burovs (galvenais mākslinieks 1944.–1950. gadā, galvenais režisors 1951.–1954. gadā un 1958.–1964. gadā), Tīna Hercberga (teātrī no 1953. gada, galvenā režisore 1966.–1973. gadā, mākslinieciskā vadītāja 1990.–1994. gadā), mākslinieks Pāvils Šenhofs (teātrī no 1946. gada, galvenais mākslinieks 1950.–2000. gadā), leļļu skulptori – Alberts Terpilovskis no 1945. līdz 1951. gadam, Anna Nollendorfa no 1955. līdz 1966. gadam, Marga Austruma, kura teātrī darbojās no 1953. gada, bet kā galvenā skulptore no 1966. līdz 2009. gadam.

Kopš darbības sākuma teātris gāja patiesas profesionālas attīstības virzienā, iespēju robežās izvairoties no padomju mākslā valdošā naturālisma un ideoloģiskajām nodevām valsts iekārtai. Tas bija sarežģīti, jo mākslas procesu virsuzraugu un cenzoru prasības teātrim liecināja par neorientēšanos leļļu teātra mākslā. Piemēram, padomju mākslai raksturīgais sauklis “Visu kā dzīvē!” materializējās rīkojumā, ka visas lelles jāgatavo no atbilstošiem materiāliem: zaķa lelle no zaķādas, vāveres lelle no vāverādas un tā tālāk. Izskanēja arī kategoriski ieteikumi izrāžu dekorāciju apgleznošanai izmantot vairāk ideoloģiski pareizās krāsas – kādā izrādē tika ieteikts sauli krāsot nevis dzeltenu, bet sarkanu, jo tā ir pareizā – revolūcijas – krāsa. Līdzīgas prasības bija sevišķi raksturīgas 20. gs. 50. un 60. gados. Leļļu teātra izrāžu veidotāji bija augstas raudzes mākslinieki, un nejēdzīgām prasībām pretī tika likta radoša izdoma un daudz negaidītu, asprātīgu māksliniecisku risinājumu, pret kuriem neviens nevarēja iebilst. Vai arī, iestudējot kādu sevišķi nemīlamu “obligāto” izrādi, tika burtiski un precīzi izpildīti visi norādījumi, tāpēc topošais skatuves darbs automātiski kļuva par radošu neveiksmi, kura pēc iespējas drīzāk bija jāizņem no repertuāra. Līdz pat padomju okupācijas laika izskaņai repertuārā tomēr bija ļoti maz tādu autoru darbu, kuri būtu iestudējami obligāti. Daudz vairāk – labākais no latviešu bērnu literatūras klāsta un tādu padomju autoru darbi, kurus var dēvēt par bērnu literatūras un leļļu dramaturģijas klasiķiem.

Nozīmīgākie iestudējumi: Raiņa “Zelta zirgs” (1946, 1953), “Kurbads” (1950), Alekseja Tolstoja (Алексей Николаевич Толстой) “Buratino piedzīvojumi” (Приключения Буратино, 1946, 1963), Elzas Stērstes “Tips un Taps” (1961), Vilhelma Buša (Heinrich Christian Wilhelm Busch) “Makss un Morics” (Max und Moritz, 1957, 1973, 1990, 1996) un citi.

Visbiežāk izrādēs tika izmantota cimda leļļu un trostu leļļu tehnika, tomēr uzvedumi nebija vienveidīgi – to noteica gan režisoriskie, gan mākslinieciskie meklējumi. Režijas darbā nereti meklēta leļļu teātra savienojamība ar citiem skatuves mākslas un arī kino veidiem. Izrāžu scenogrāfiskajos noformējumos un leļļu veidolos daudz negaidītu risinājumu (arī brīvas fantāzijas leļļu parādīšanās), netradicionālu materiālu izmantojums, kas gan lellēm, gan visai izrādei kopumā piešķīra papildus jēgu vai pat pacēla visu iestudējumu jaunā domas līmenī. Tas labi parādījies izrādēs “Robinsons” (pirmizrāde 1948. gadā; pēc Daniela Defo, Daniel Defoe, romāna “Robinsons Krūzo”, Robinson Crusoe, 1719. gads), Annas Brigaderes “Sprīdītī” (1957), Ņinas Gernetas (Нина Владимировна Гернет) “Aladina burvju lampā” (Аладдин и волшебная лампа, 1951), Valentīna Andrijeviča (Валентин Валентинович Андриевич) un Sofjas Prokofjevas (Софья Леонидовна Прокофьева) “Saslauku vecī” (Дядя Мусор, 1962), Bruno Saulīša “Četros muzikantos” (1963), Tīnas Hercbergas, Pāvila Šenhofa un Gunāra Priedes “Interlellis – 67” (1967), Rūdolfa Geikina un P. Šenhofa “Baltais un melnais” (1971), Arnolda Skutuļa un P. Šenhofa “Un atkal Pifs” (1983) un citos. Sevišķi oriģinālas, aizraujošas domas augstsprieguma pilnas ir mākslinieka Andra Mangaļa un režisora Arvīda Cepurīša sadarbībā tapušās izrādes – Vitauta Ļūdēna “Rīga dimd” (1970), Erika Ādamsona “Koklētājs Samtabikse” (1978), Hermaņa Paukša “Raganas trīs noslēpumi” (1981).

Režisore T. Hercberga aizsāk iestudēt izrādes arī pieaugušo skatītāju auditorijai – Isidora Štoka (Исидор Владимирович Шток) “Velna dzirnavas” (pirmizrāde 1955. gadā; pēc Jana Drdas, Jan Drda, drāmas “Spēlēties ar velnu”, Hrátky s čertem, 1946. gads), Valta Grēviņa “Ak, sirds!” (pēc Vladimira Poļakova, Владимир Соломонович Поляков, darba 1957). Šo teātra darbības virzienu veiksmīgi turpināja režisors A. Cepurītis – pēc Jaroslava Hašeka (Jaroslav Hašek) satīriskā romāna “Krietnais kareivis Šveiks” (Osudy dobrého vojáka Švejka za světové války, 1923) tapušas izrādes “Šveiks” (1974), “Šveiks frontē” (1975), pēc Džovanni Bokačo (Giovanni Boccaccio) noveļu krājuma (Decamerone, 1353) tapusi izrāde “Dekamerons” (1982).

Vēl viena režisores T. Hercbergas iniciatīva, domājot par teātra nākotni, – viņa aizsāka un organizēja leļļu teātra aktieru profesionālās apmācības darbu. Līdz 90. gadu sākumam topošie leļļu teātra aktieri tika uzņemti un apmācīti Latvijas Valsts konservatorijā, pēc 1991. gada – Latvijas Kultūras akadēmijā.

Ja līdz padomju okupācijas laika izskaņai teātra skatītāju auditorijas dalījums bija tikai – bērni un pieaugušie – bez kādām sīkākām vecuma grupu gradācijām, tad no 90. gadu sākuma izrāžu veidotāji tam pievērsa daudz lielāku vērību, meklējot adekvātu sarunas veidu un māksliniecisko risinājumu izrādēm gan pirmsskolniekiem un skolas vecuma bērniem, gan jauniešiem un vecāka gadagājuma skatītājiem. Teātra iestudējumos tika saglabāta uzticība tām ētiskajām un estētiskajām vērtībām, kādas iekodētas klasiskajā bērnu literatūrā. Izrāžu veidotāji stingri turējās pie principa – nekādu vardarbības izpausmju uz skatuves! Tas nemainīgi bijis un joprojām ir viens no teātra mākslinieciskajiem stūrakmeņiem. 90. gadu sākums ir robežšķirtne, kad dzīve Latvijā kardināli mainījās, t. sk. arī bērnu pedagoģija, psiholoģija, kā arī pasaules izziņas process. Mūsdienu Leļļu teātra pamatauditoriju nav iespējams salīdzināt ar padomju laika bērniem, kuri apmeklēja teātri. Lielais informācijas daudzums, izmaiņas un īpatnības tās uztverē, pasaules iepazīšanas process veido mūsdienu izrāžu formu, izteiksmi un attīsta aizvien jaunas dialoga iespējas ar auditoriju.

Pēc 1990. gada teātrī iezīmējās paaudžu maiņa – režijas darbam pievērsās vairāki pieredzes bagāti aktieri: Valdis Pavlovskis, Pauls Anteins, Vladimirs Grigorjevs, Vija Blūzma (teātra mākslinieciskā vadītāja no 1999. līdz 2016. gadam). Teātrī sāka strādāt režisors Māris Koristins (kopš 1991. gada). Teātrim izveidojās laba sadarbība ar māksliniekiem Gediminu Kotello, Ilzi Vītoliņu, Anitu Znutiņu-Šēvi (galvenā māksliniece kopš 2003. gada).

Nozīmīgākās izrādes – Jēkaba Grimma (Jacob Grimm) un Vilhelma Grimma (Wilhelm Grimm) “Sniegbaltīte un septiņi rūķīši” (Schneewittchen, 1812. gads; režisori V. Pavlovskis, M. Koristins, pirmizrāde 1995. gadā), Tamāras Gabes dramatizētā “Pelnrušķīte” (1995, 2016), Pola Kristofa (Paul Christophe) “Sarkanie zābaciņi” (2000), Sergeja Kozlova (Сергей Григорьевич Козлов) “Ezītis miglā” (Ёжик в тумане, 2003) – visām režisors M. Koristins. E. Ādamsona “Čigānmeitēns Ringla” (1996), Viļa Plūdoņa “Eža kažociņš” (1998, 2018), “Zaķīšu pirtiņa” (2000), “Viena maza turku pupa” (pēc Vladimira Sutejeva, Владимир Григорьевич Сутеев, darbu motīviem, 2006. gads), Antuāna de Sent-Ekziperī (Antoine de Saint-Exupéry) “Mazais princis” (Le Petit Prince, 2016) – visām režisore Vija Blūzma. Astrīdas Lindgrēnes (Astrid Anna Emilia Lindgren) “Ronja – laupītāja meita” (Ronja rövardotter, 2013), režisors V. Pavlovskis, Rūdolfa Blaumaņa “Skroderdienas Silmačos” (2007.), režisori Kārlis Auškāps, V. Pavlovskis.

Ēriha Kestnera (Emil Erich Kästner) “Divas Lotiņas” (Das doppelte Lottchen, 2013), “Emīls un Berlīnes zēni” (Emil und die Detektive, 2014) – abām režisors Ģirts Šolis (teātra galvenais režisors no 2016. līdz 2019. gadam).

Svarīga un jaunām, noderīgām ierosmēm pilna bijusi sadarbība ar ārvalstu viesrežisoriem: Viljama Šekspīra (William Shakespeare) “Simbelīns” (Cymbeline, 1999) – režisors Reins Agurs (Rein Agur, Igaunija), “Karmena. Versija” (2005. gads, pēc Prospēra Merimē, Prosper Mérimée) – režisors Aleksandrs Mindļins (Александр Миндлин, Krievija), “Mazais samurajs” (2011. gads, pēc japāņu pasakām), Keitas Dikamillo (Kate DiCamillo) “Truša Edvarda brīnumainais ceļojums” (2017) – abām režisore Nadežda Aļeksejeva (Надежда Алексеева, Krievija), Raiņa “Zelta zirgs” (2017) – režisors Duda Paiva (Duda Paiva, Nīderlande).

Latvijas Leļļu teātra mākslinieciskās izteiksmes līdzekļu klāsts aizvien paplašinās. Tradicionālajām leļļu vadīšanas sistēmām, kas izmantotas iestudējumos, klāt nākušas arī marionetes (no 2005. gada – ar iestudējumu “Karmena. Versija”). Pašlaik repertuārā ir arī marionešu izrādes pašiem mazākajiem skatītājiem. Līdz ar izrādi “Smilšu animācija” (2012. gads, režisore V. Blūzma) repertuārā nostiprinājušās izrādes arī šajā (smilšu animācijas) tehnikā.

Skatītāju pieprasītas un labi apmeklētas ir klasiskās širmja izrādes ar trostu lellēm. Šo izrāžu iestudēšanai kopš ienākšanas brīža teātrī pievērsies režisors M. Koristins. Savukārt ar režisora Ģ. Šoļa darbības sākumu Latvijas Leļļu teātrī iestudētas arī vairākas izrādes objektu teātra estētikā. Kopš 2022. gada teātri vada režisors Mārtiņš Eihe. 

Teātrī no tā dibināšanas brīža strādājuši daudzi talantīgi dažādu paaudžu aktieri, kas devuši nozīmīgu ieguldījumu latviešu leļļu teātra mākslas attīstībā: Hilda Žīgure, Zenta Lēpe, Alberts Dalga, Ēriks Mūrnieks, Jānis Ķekars, Dace Skadiņa, Silvija Bitere, Vija Blūzma, Dzintra Maisaka, Pēteris Šogolovs, Hermanis Paukšs (arī teātra galvenais režisors no 1984. līdz 1987. gadam), Valdis Pavlovskis, Jānis Kirmuška, Laila Kirmuška. Teātra krievu trupa – Tatjana Hitarišvili, Sofija Demjanova, Vladimirs Sergeičevs, Ļevs Birmanis, Vladimirs Grigorjevs, Nadežda Bahvalova, Olga Larina, Lilija Sūna.

Pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas dažādos laikposmos teātrī ienākuši un iestudējumos savu talantu spilgti apliecina Santa Didžus, Dace Vītola, Baiba Vanaga, Dana Avotiņa-Lāce, Jūlija Meščerjakova, Aleksandrs Jonovs un citi aktieri.

Teātra iesaiste leļļu mākslas apritē ir plaša – gan dalība bijušās Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) leļļu teātru festivālos, gan arī starptautiska mēroga leļļu spēlmaņu izrāžu parādēs.

1958. gadā – Vispasaules izrādē Briselē (Beļģija) – skulptores A. Nollendorfas veidotajām lellēm – Antiņam un Saulcerītei (“Zelta zirgs”, 1953) – piešķirta sudraba medaļa. 60. gados teātra skulptore A. Nollendorfa speciālistu vidū tika atzīta par labāko leļļu skulptori visā PSRS.

1962. gadā – Starptautiskajā leļļu teātru festivālā Varšavā (Polija) izrāde “Saslauku vecis” (1962, režisors A. Burovs) gūst žūrijas augstāko novērtējumu – I pakāpes diplomu un Polijas Tautas Republikas atzinības balvu. Gan šī, gan arī dažas citas režisora A. Burova izrādes devušas nozīmīgus impulsus visas PSRS leļļu teātra mākslas attīstībā.

1966.–1989. gadā – regulāra dalība Baltijas repuliku un Baltkrievijas PSR leļļu teātru festivālos.

1967. gadā – Vissavienības teātru skate Maskavā (Krievija) – izrāde “Interlellis – 67” (režisore T. Hercberga) – 1. vieta.

1968. gadā – Starptautiskais leļļu un marionešu teātra festivāls (Francija) – izrāde “Pifa piedzīvojumi” (režisore T. Hercberga).

1988. gadā – Pasaules leļļu teātru festivāls (Japāna) – izrāde “Raganas trīs noslēpumi” (režisors A. Cepurītis).

90. gados, kad Latvija atguva neatkarību, teātra piedalīšanās starptautiskajā leļļu teātru mākslas apritē uz brīdi mazinājās (tikai daži festivāli Lietuvā un Igaunijā), taču no jaunās tūkstošgades sākuma tā atkal ir intensīva.

2000. gadā – Bērnu un jaunatnes teātru festivāls BANANIKALA Tallinā (Igaunija) – izrāde “Simbelīns” (režisors R. Agurs) – balva par labāko režiju, balva labākajai aktrisei (S. Didžus), balva labākajam aktierim (P. Šogolovs).

2001. gadā – Baltijas jūras valstu leļļu teātru festivāls Slupskā (Polija) – izrāde “Zaķīšu pirtiņa” (režisore V. Blūzma) – festivāla laureāte.

2007. gadā – Bērnu teātru festivāls Ņižņijnovgorodā (Krievija) – izrāde “Ezītis miglā” (režisors M. Koristins) – balva par labāko izrādi jaunākā vecuma bērniem.

2014. gadā – Starptautiskais teātru festivāls VALISE Lomžā (Polija) – izrāde “Snaudošā pūķa pasaka” (režisore N. Aļeksejeva) – balva par labāko skatuvisko stāstījumu.

2017. gadā – Starptautiskais teātru festivāls VALISE Lomžā (Polija) – izrāde “Kaštanka” (režisors Dmitrijs Petrenko) – par titullomu izrādē S. Didžus piešķirta labākās aktrises balva.

Izrāde “Zelta zirgs” (2017. gads, režisors D. Paiva): 2018. gadā – Starptautiskais teātru festivāls VALISE Lomžā (Polija) – saņemta GRAND PRIX, 2018. gadā – Starptautiskais teātru festivāls SPOTKANIA Toruņā (Polija) – saņemta balva par labāko scenogrāfiju, 2018. gadā – Starptautiskais bērnu teātru festivāls Impulse Bukarestē (Rumānija) – balva par labāko izrādi, balva labākajam aktierim (A. Jonovs).