Padomju okupācijas periods Darbības pirmajā desmitgadē teātris M. Ķempes (pirmā mākslinieciskā vadītāja no 1944. līdz 1946. gadam) un J. Žīgura (pirmais direktors no 1944. līdz 1948. gadam; vēlāk arī no 1956. līdz 1963. gadam) vadībā orientējās tikai uz izrādēm bērnu auditorijai.
Leļļu teātrī kopš 1946. gada darbojās arī krievu trupa. Teātra darbības sākumposmā strādāt sāka plejāde talantīgu mākslinieku, kuri ilgus gadus veidoja teātra radošo seju: režisors Arnolds Burovs (galvenais mākslinieks 1944.–1950. gadā, galvenais režisors 1951.–1954. gadā un 1958.–1964. gadā), Tīna Hercberga (teātrī no 1953. gada, galvenā režisore 1966.–1973. gadā, mākslinieciskā vadītāja 1990.–1994. gadā), mākslinieks Pāvils Šenhofs (teātrī no 1946. gada, galvenais mākslinieks 1950.–2000. gadā), leļļu skulptori – Alberts Terpilovskis no 1945. līdz 1951. gadam, Anna Nollendorfa no 1955. līdz 1966. gadam, Marga Austruma, kura teātrī darbojās no 1953. gada, bet kā galvenā skulptore no 1966. līdz 2009. gadam.
Kopš darbības sākuma teātris gāja patiesas profesionālas attīstības virzienā, iespēju robežās izvairoties no padomju mākslā valdošā naturālisma un ideoloģiskajām nodevām valsts iekārtai. Tas bija sarežģīti, jo mākslas procesu virsuzraugu un cenzoru prasības teātrim liecināja par neorientēšanos leļļu teātra mākslā. Piemēram, padomju mākslai raksturīgais sauklis “Visu kā dzīvē!” materializējās rīkojumā, ka visas lelles jāgatavo no atbilstošiem materiāliem: zaķa lelle no zaķādas, vāveres lelle no vāverādas un tā tālāk. Izskanēja arī kategoriski ieteikumi izrāžu dekorāciju apgleznošanai izmantot vairāk ideoloģiski pareizās krāsas – kādā izrādē tika ieteikts sauli krāsot nevis dzeltenu, bet sarkanu, jo tā ir pareizā – revolūcijas – krāsa. Līdzīgas prasības bija sevišķi raksturīgas 20. gs. 50. un 60. gados. Leļļu teātra izrāžu veidotāji bija augstas raudzes mākslinieki, un nejēdzīgām prasībām pretī tika likta radoša izdoma un daudz negaidītu, asprātīgu māksliniecisku risinājumu, pret kuriem neviens nevarēja iebilst. Vai arī, iestudējot kādu sevišķi nemīlamu “obligāto” izrādi, tika burtiski un precīzi izpildīti visi norādījumi, tāpēc topošais skatuves darbs automātiski kļuva par radošu neveiksmi, kura pēc iespējas drīzāk bija jāizņem no repertuāra. Līdz pat padomju okupācijas laika izskaņai repertuārā tomēr bija ļoti maz tādu autoru darbu, kuri būtu iestudējami obligāti. Daudz vairāk – labākais no latviešu bērnu literatūras klāsta un tādu padomju autoru darbi, kurus var dēvēt par bērnu literatūras un leļļu dramaturģijas klasiķiem.
Nozīmīgākie iestudējumi: Raiņa “Zelta zirgs” (1946, 1953), “Kurbads” (1950), Alekseja Tolstoja (Алексей Николаевич Толстой) “Buratino piedzīvojumi” (Приключения Буратино, 1946, 1963), Elzas Stērstes “Tips un Taps” (1961), Vilhelma Buša (Heinrich Christian Wilhelm Busch) “Makss un Morics” (Max und Moritz, 1957, 1973, 1990, 1996) un citi.
Visbiežāk izrādēs tika izmantota cimda leļļu un trostu leļļu tehnika, tomēr uzvedumi nebija vienveidīgi – to noteica gan režisoriskie, gan mākslinieciskie meklējumi. Režijas darbā nereti meklēta leļļu teātra savienojamība ar citiem skatuves mākslas un arī kino veidiem. Izrāžu scenogrāfiskajos noformējumos un leļļu veidolos daudz negaidītu risinājumu (arī brīvas fantāzijas leļļu parādīšanās), netradicionālu materiālu izmantojums, kas gan lellēm, gan visai izrādei kopumā piešķīra papildus jēgu vai pat pacēla visu iestudējumu jaunā domas līmenī. Tas labi parādījies izrādēs “Robinsons” (pirmizrāde 1948. gadā; pēc Daniela Defo, Daniel Defoe, romāna “Robinsons Krūzo”, Robinson Crusoe, 1719. gads), Annas Brigaderes “Sprīdītī” (1957), Ņinas Gernetas (Нина Владимировна Гернет) “Aladina burvju lampā” (Аладдин и волшебная лампа, 1951), Valentīna Andrijeviča (Валентин Валентинович Андриевич) un Sofjas Prokofjevas (Софья Леонидовна Прокофьева) “Saslauku vecī” (Дядя Мусор, 1962), Bruno Saulīša “Četros muzikantos” (1963), Tīnas Hercbergas, Pāvila Šenhofa un Gunāra Priedes “Interlellis – 67” (1967), Rūdolfa Geikina un P. Šenhofa “Baltais un melnais” (1971), Arnolda Skutuļa un P. Šenhofa “Un atkal Pifs” (1983) un citos. Sevišķi oriģinālas, aizraujošas domas augstsprieguma pilnas ir mākslinieka Andra Mangaļa un režisora Arvīda Cepurīša sadarbībā tapušās izrādes – Vitauta Ļūdēna “Rīga dimd” (1970), Erika Ādamsona “Koklētājs Samtabikse” (1978), Hermaņa Paukša “Raganas trīs noslēpumi” (1981).
Režisore T. Hercberga aizsāk iestudēt izrādes arī pieaugušo skatītāju auditorijai – Isidora Štoka (Исидор Владимирович Шток) “Velna dzirnavas” (pirmizrāde 1955. gadā; pēc Jana Drdas, Jan Drda, drāmas “Spēlēties ar velnu”, Hrátky s čertem, 1946. gads), Valta Grēviņa “Ak, sirds!” (pēc Vladimira Poļakova, Владимир Соломонович Поляков, darba 1957). Šo teātra darbības virzienu veiksmīgi turpināja režisors A. Cepurītis – pēc Jaroslava Hašeka (Jaroslav Hašek) satīriskā pretkara romāna “Krietnā kareivja Šveika dēkas pasaules karā” (Osudy dobrého vojáka Švejka za světové války, 1921–1923) tapušas izrādes “Šveiks” (1974), “Šveiks frontē” (1975), pēc Džovanni Bokačo (Giovanni Boccaccio) noveļu krājuma (Decamerone, 1353) tapusi izrāde “Dekamerons” (1982).
Vēl viena režisores T. Hercbergas iniciatīva, domājot par teātra nākotni, – viņa aizsāka un organizēja leļļu teātra aktieru profesionālās apmācības darbu. Līdz 90. gadu sākumam topošie leļļu teātra aktieri tika uzņemti un apmācīti Latvijas Valsts konservatorijā, pēc 1991. gada – Latvijas Kultūras akadēmijā.
