Teoloģisko izglītību pirmoreiz Latvijas teritorijā varēja iegūt jau drīz pēc Latvijas kristianizācijas 13. gs. – Rīgas Doma skolā, kur tika sagatavoti arī garīdznieki. Pirmā augstskola Baltijā, kur bija iespējams studēt arī teoloģiju, bija Academia Gustaviana Adolphina (kopš 1632. gada; mūsdienās Tartu Universitāte, Tartu Ülikool) Tērbatā. Teoloģijas lekcijas bija arī Kurzemes un Zemgales hercoga Pētera Bīrona atvērtajā Academia Petrina (Pētera akadēmija, 1775–1806), pirmajā jezuītu izveidotajā garīgajā seminārā Latvijas teritorijā pie Svētā Jēkaba katedrāles Rīgā (1583–1621). Rīgas Akadēmiskajā ģimnāzijā (1631–1656; 1678–1710) par teoloģijas profesoriem darbojās Hermanis Samsons (latīņu Hermannus Samsoniu, vācu Hermann Samson) un Johans Brēvers (latīņu Johannes Breverus, vācu Johannes Brever). Tā vairāk bija uz ikdienas pielietojumu vērsta teoloģiska izglītība, bet ne attīstīts pētnieciskais darbs. Arī Kārļa licejā Rīgā (dibināts 1675. gadā) darbojās apgaismības laika ideju paudējs teologs Kristofs Harders (Christoph Harder), kurš teoloģiju bija studējis Kēnigsbergā. Rīgas Doma skolas skolotājs bija ievērojamais 18. gs. teologs Johanns Gotfrīds Herders (Johann Gottfried von Herder), kurš bija studējis teoloģiju Kēnigsbergā pie Imanuela Kanta (Immanuel Kant) un Johanna Georga Hāmaņa (Johann Georg Hamann) un vēlāk kļuva par ievērojamāko apgaismības laika domātāju.

Līdz brīdim, kad 1919. gadā tika dibināta Latvijas Augstskola (vēlāk – Latvijas Universitāte, LU), Latvijā nebija patstāvīgas akadēmiskas teoloģijas. Cauri laikiem gan tika pārstāvētas dažādas teoloģiskas skolas, bija notikuši arī teoloģiski disputi. Baznīcu darbinieki, priesteri un mācītāji bija izglītojušies ārpus Latvijas teritorijas un atnesuši sev līdz jaunas idejas. Tā Reformācijas teoloģiskās idejas sasniedza Rīgu jau visai agri (1522). Baznīcas darbību ietekmēja arī luteriskā ortodoksija, hernhūtisms un apgaismības laikmeta idejas. Tomēr vēl neveidojās sava teoloģiska skola. Latviski runājoša un docējoša akadēmiska teoloģijas skola pastāv visai neilgi – tikai kopš 20. gs., kad teoloģija ieguva vietu akadēmisko disciplīnu vidū. 1920. gadā LU tika atvērta Teoloģijas fakultāte. Izglītības ministra parakstītā rīkojumā tika noteikts, ka fakultātes izglītības saturā nebūs konfesionālas dogmatikas un praktiskās teoloģijas priekšmetu, tās darbība būs galvenokārt akadēmiska. Teoloģijas fakultātes mācībspēki bija pārsvarā Latvijas Evaņģēliski luteriskās baznīcas (LELB) mācītāji.

19. gs. vidū Eiropā arvien plašāku atbalstu guva liberālā teoloģija, kas izmantoja vēsturiski kritisko metodi, atbrīvojoties no dogmatikas diktāta un mēģinot sniegt jaunu kristietības interpretāciju saskaņā ar sava laika zinātnes un kultūras attīstību. Viens no nozīmīgākajiem šī novirziena pārstāvjiem bija vācbaltietis Ādolfs fon Harnaks (Adolf von Harnack), kurš ietekmēja arī liberālās teoloģijas izplatību Latvijas teritorijā. Arī pirmie latviešu teologi Kārlis Kundziņš, Voldemārs Maldonis, kuri būtiski noteica LU Teoloģijas fakultātes teoloģisko ievirzi, bija ietekmējušies no liberālās teoloģijas atziņām un vēsturiski kritiskās metodes. LELB iebilda pret praktiskās teoloģijas trūkumu un liberālo ievirzi fakultātē un atvēra savu mācību iestādi – Teoloģisko institūtu (1923–1937). 

LU Teoloģijas fakultātes mācībspēki iedibināja akadēmiski teoloģisku rakstniecību, piemēram, pirmo reizi latviešu valodā tika sarakstīts akadēmisks sistemātisks kristīgās teoloģijas apkopojums (V. Maldonis “Evaņģēliskā dogmatika”, 1939). LU mācībspēki veica pētījumus gan par reliģiju vēsturi Latvijā, gan arī meklēja savu īpašo vietu teoloģiskā diskursā pasaules kontekstā. Īpaši nopelni bija Ludvigam Adamovičam, kurš ar saviem vēstures pētījumiem iedibināja kristietības vēstures nozari (“Vidzemes baznīca un latviešu zemnieks 1710–1740”, 1933); viņš arī risināja jautājumus par latviskā un kristietības mijiedarbi (“Latviskums mūsu dievkalpojumos”, 1939). Raksturīgi laikmetam iznāca arī Jēzus dzīves un mācības atspoguļojums (K. Kundziņš “Kristus”, 1939). Viens no ievērojamākajiem LU Teoloģijas fakultātes absolventiem ir Haralds Biezais, kurš trimdā Zviedrijā kļuva par ļoti nozīmīgu Latvijas reliģiju vēstures pētnieku.

1937. gadā pēc Latvijas Pareizticīgās baznīcas ierosinājuma LU Teoloģijas fakultātē tika atvērta Pareizticīgās teoloģijas nodaļa. Pakāpeniski docētāju pulks tika papildināts ar pareizticīgo teologiem, pirmie no tiem bija Pāvils Dāvis sistemātiskajā teoloģijā un Jānis Jansons praktiskajā teoloģijā.

1938. gadā tika panākta arī Romas katoļu teoloģijas fakultātes atvēršana pie LU, tomēr jau drīz abu Teoloģijas fakultāšu darbību pārtrauca Otrais pasaules karš. Tās tika slēgtas 1940. gadā, darbību atsāka kara laikā (1943–1944).

Padomju okupācija bija ļoti smags trieciens akadēmiskajai teoloģijai. LU mācībspēki tika apcietināti, izsūtīti, devās trimdā. Padomju okupācijas gados teoloģija varēja turpināties tikai ārkārtīgi apgrūtinātos apstākļos. Tā bija nošķirta no teoloģiskās pētniecības attīstības Rietumu pasaulē, nedaudzajiem teoloģiskiem iespieddarbiem, kas nonāca Latvijā, bija gadījuma raksturs. Augstskolās brīva, ideoloģiski neietekmēta teoloģiska pētniecība nebija iespējama. Kad tika atļauti teoloģijas semināri, tie galvenokārt bija orientēti uz mācītāju praktisku sagatavošanu, bet ne uz jaunu teoloģisko zināšanu radīšanu. Tomēr no luterāņu Teoloģijas semināra (atvērts 1969. gadā) saglabājušās lekcijas un studentu pētījumi, kas ir vieni no ļoti retajiem oriģināldarbiem teoloģijas jomā padomju okupācijas laikā. Brīva rakstniecība par teoloģiskām tēmām nebija iespējama, tā bija pakļauta ideoloģiskiem izkropļojumiem. Baznīcai bija jāpastāv vajāšanu un reliģijai naidīgas ideoloģijas apstākļos, kas ietekmēja arī teoloģiju. Tā ieņēma aizsargpozīciju, kļuva uz iekšu vērsta un konservatīva. Karš bija paņēmis arī lielāko daļu teologu – tie bija spiesti pamest Latviju, tika izsūtīti un nomocīti. Latvijā bija palikuši tie, kuri bija studējuši vēl pirmskara Latvijā, vai arī tie, kas kā autodidakti, izmantojot nedaudzos pieejamos teoloģiskos materiālus, bija apguvuši akadēmiskās teoloģijas atziņas.

1991. gadā uz luterāņu Teoloģiskā semināra bāzes tika atjaunota LU Teoloģijas fakultāte. Galvenie iniciatori bija Juris Rubenis, Roberts Akmentiņš un citi semināra mācībspēki. Fakultātes statūtos tika noteikts, ka tā būs ekumeniska fakultāte. Sākotnēji tā bija cieši saistīta ar LELB un bija galvenokārt luterāņu mācītāju izglītošanās vieta. Tomēr, līdzīgi kā pirmskara Latvijā, baznīca iebilda pret tās atvērto teoloģisko ievirzi (piemēram, jautājumā par sieviešu ordināciju) un izveidoja savu mācību iestādi – Lutera Akadēmiju (kopš 1997. gada). Fakultāte turpināja darboties kā ekumeniska, dažādām teoloģijas tradīcijām un izpratnēm atvērta akadēmiska mācību iestāde. Līdzās kristīgai teoloģijai te pastāv arī reliģiju pētniecība. Kristīgā akadēmiskā teoloģija pārstāvēta arī Latvijas Kristīgajā akadēmijā (dibināta 1993. gadā, pareizticības ievirze) un Laterāna pontifikālās universitātes Rīgas Augstākā reliģiju zinātnes institūtā, RARZI (dibināts 1992. gadā, Romas katoļu).

Mācību iestādes izdod turpinājumizdevumus, kas pievēršas aktuālām teoloģiskām tēmām Latvijā un pasaulē: teoloģijas, reliģijpētniecības un kultūrvēstures žurnāls “Ceļš” (izdevējs LU Teoloģijas fakultāte, 1934–1940, atjaunots 1988. gadā), “Latvijas Kristīgās Akadēmijas Zinātniskie Raksti” (kopš 2006. gada), žurnāls Terra Mariana (izdevējs Rīgas Teoloģijas institūts un RARZI, kopš 2010. gada).

Viens no izcilākajiem latviešu teologiem ir Visvaldis Varnesis Klīve. Dzimis Rīgā, tomēr lielāko daļu savas dzīves pavadījis trimdā. Teoloģisko izglītību ieguvis Amerikas Savienotajās Valstīs, bijis docētājs Midlberijas koledžā (Middlebury College; Bērlingtonā, Vermontas pavalstī) un filozofijas profesors Vitenbergas Universitātē (Wittenberg University; Springfīldā, Ohaijo pavalstī). 1990. gadā atgriezies Latvijā un piedalījās LU Teoloģijas fakultātes izveidošanā. Nozīmīgākie darbi latviešu valodā “Ticības ceļos: reliģiju vēsture” (1995), “Gudrības ceļos: īss ievads Rietumu filozofijā” (1996), “Ievads teoloģijas studijās” (1996), “Kristīgā ētika: vēsturisks atskats” (1996) un “Rīcības ceļos: ētikas vēsture ar atskatu uz kristīgās ētikas pieredzi” (1998).

Nozīmīgus pētījumus par jaunām reliģiskām kustībām, baznīcas vēsturi un politisko teoloģiju veicis akadēmiski strādājošais teologs Valdis Tēraudkalns (“Kristus un Cēzars: kristietība un vara”, 2010).