Jēkabpils ir pilsēta Latvijas austrumu daļā, uz robežas starp Latgales un Sēlijas vēsturiskajām zemēm, netālu no Vidzemes, Jēkabpils novadā. Pilsēta izvietojusies abos Daugavas krastos – kreisajā (Sēlijas pusē) atrodas vēsturiskā Jēkabpils, bet labajā (Latgales pusē) atrodas Krustpils, kas kopš 1962. gada ir Jēkabpils pilsētas daļa.
Pilsētas dienvidu daļā atrodas Radžu ūdenskrātuve 158 ha platībā, kas tika izveidota 1987. gadā bijušo dolomīta karjeru vietā. Pilsētas ziemeļrietumos Daugavā ietek Donaviņa, kuras lejtecē ir uzpludināts Krustpils pils dīķis. Līdzās Donaviņas grīvai pilsētas teritorijā atrodas divas Daugavas salas – nelielā Ādamsona saliņa un krietni lielākā Daugavsala, kuru no Krustpils puses atdala Daugavas atteka Mazā Daugava.
Pilsētas robeža ir samērā izrobota – tā iet gan pa dažādām ielām un ūdenstecēm, gan paralēli dzelzceļa līnijai Rīga–Maskava un autoceļiem A6 (Rīga–Daugavpils–Krāslava–Baltkrievijas robeža, arī Daugavpils šoseja) un A12 (Jēkabpils–Rēzekne–Krievijas robeža).
Jēkabpils ir nozīmīgs satiksmes mezgls – autoceļu un dzelzceļu krustpunkts. Jēkabpils atrodas augstākās kategorijas autoceļu A6 un A12 krustojumā, kas ietilpst starptautiskajā autoceļā E22. Pilsētas teritorijā atrodas arī reģionālās nozīmes autoceļi P75 (Jēkabpils–Lietuvas robeža (Nereta)) un P76 (Aizkraukle–Jēkabpils). Krustpils pusē savienojas dzelzceļa līnijas Rīga–Zilupe–Maskava un Rīga–Daugavpils–Indra. Attālums no galvaspilsētas Rīgas pa autoceļu A6 ir 143 km, bet pa dzelzceļu – 129 km.
Jēkabpilī atrodas Jēkabpils novada pašvaldība. Rietumos Jēkabpils robežojas ar Salas pagastu, ziemeļos – ar Krustpils pagastu un Variešu pagastu, austrumos – ar Kūku pagastu, dienvidos un dienvidaustrumos – ar Ābeļu pagastu.