J. Čaksti tautā sauca par Čakstes tēvu. Viņš, veidodams dzīvu saiti ar jaunlatviešu laikmetu, ar savu atturīgumu, laipno saskarsmi ar apkārtējiem, bet vienlaikus ar izlēmību un drosmi kļuva par Latvijas neatkarīgā demokrātiski tiesiskā valstiskuma pamatlicēju un simbolu, demokrātiskās Latvijas pirmo pilsoni, Valsts prezidenta amata pildīšanas tradīcijas (orators, diplomāts, valsts reprezentants un stabilizētājs, pārpartejisks arbitrs, Satversmes sargs un interprets), 18. novembra un citu nacionālo ceremoniālo tradīciju iedibinātāju. J. Čakste ar savu politiskās darbības stilu radīja prezidenta amata autoritāti. Būdams Valsts prezidents, vērsās pret autoritārām tendencēm, nelietpratību (nekompetenci un neprofesionālismu), politisko demagoģiju (populismu) un korupciju kā galveno problēmu politikā un valsts pārvaldē.

J. Čakste dzimis turīgu vecsaimnieku ģimenē. Pirmo izglītību ieguva mājskolotājas vadībā. Viņa tēvs atvēlēja līdzekļus, lai dēls varētu apmeklēt arī franču valodas un mūzikas stundas, kā arī teātri. Uzvārds “Čakste” cēlies no dzimto māju nosaukuma (nav saglabājušās). Vectēvam Jānim un arī J. Čakstem sākotnējais uzvārds bija Zirnis. Vecāki Krišjānis un Karlīne Matilde (dzimusi Narunovska) bija šo māju saimnieki un Bērsteles muižas rentnieki, kā arī dzirnavu un ķieģeļu cepļa pārvaldnieki. 1871. gadā vecāki iepirka Vecsvirlaukas (tagad Salgales) pagasta Auču mājas Lielupes krastā, kas gadsimta beigās palika trešajam bērnam J. Čakstem kā otrajam brālim. Bija precējies ar Justīni Katrīnu Mariju Čaksti (dzimusi Vesere). Viņiem bija deviņi bērni – pieci dēli un četras meitas.

Pamatizglītību J. Čakste ieguva vācu valodā Sv. Annas elementārskolā Jelgavā (1872–1875), pēc tam (1875–1882) mācības vāciski pabeidza Jelgavas vīriešu ģimnāzijā. Šajās mācību iestādēs bija aizliegts runāt latviski, tādēļ J. Čakste kopā ar saviem ģimnāzijas biedriem nodibināja latviešu “vakarnieku” grupu, kas sapulcējās skolēnu vakaros viņa dzīvoklī, lai priekšlasījumos latviešu valodā izkoptu zināšanas par vēsturi. Sevišķi pastiprināti viņš mācījās krievu valodu. J. Čakste studēja Maskavas Universitātes Juridiskajā fakultātē (1882–1886), toreizējā Krievijas Impērijas liberālās tiesiskās domas citadelē; diplomdarbs romiešu tiesībās.

Maskavā J. Čakste personiski iepazinās ar savu nacionālpolitisko ideālu Krišjāni Valdemāru, kura rusofilajā, bet uz ķeizara Aleksandra II (Александр II Николаевич Романов) liberālajām reformām orientētajā vadībā iesaistījās sabiedrībā, ieskaitot Maskavas latviešu vakarus. Par teicamām sekmēm un uzvedību J. Čakste saņēma ieejas karti uz cara Aleksandra III (Александр III Александрович Романов) kronēšanas gadskārtas svinībām.

J. Čakste pēc Jelgavas ģimnāzistu vakaru pieredzes ierosināja un 31.10.1883., klātesot K. Valdemāram, Krišjānim Baronam un Jēkabam Velmem, nodibināja atsevišķus studentu lasāmos vakarus akadēmiskai pašorganizācijai, referātiem un sarīkojumiem nacionāli demokrātiskas identitātes izkopšanai un izplatīšanai (tagadējā akadēmiskā vienība “Austrums”), ko pats arī vadīja un kurā vēlāk darbojās visi viņa dēli: arī Konstantīns, Mintauts un Ringolds Čakstes. Studiju laikā pievērsās arī Kurzemes un Zemgales hercogistes laikmeta starptautisko līgumu pētniecībai, piedalījās pirmā latviešu literāri sabiedriskā žurnāla “Austrums” dibināšanā (1885).

Pēc atgriešanās Jelgavā J. Čakste bija Kurzemes guberņas prokuratūras sekretārs (1886–1888), advokāta Andreja Stērstes palīgs un advokāts (1888–1914). 1888.–1914. gadā Kurzemē un Vidzemē lasītākā nedēļas laikraksta “Tēvija”, kas aizstāvēja latviešu zemnieku intereses un apkaroja Baltijas vācu izcelsmes muižniecības privilēģijas, izdevējs, līdz 1906. gadam arī redaktors. Paralēli sadarbības veidošanai ar guberņas iestādēm J. Čakste bija zemnieku tiesību aizstāvis daudzās prāvās. Veicināja dažādu biedrību dibināšanu Kurzemē, izstrādādams to statūtus un palīdzēdams to apstiprināšanā. Jelgavas Latviešu biedrības (JLB) priekšsēdētājs (1887–1901; 1904–1906), panākot IV Vispārējo dziesmu un mūzikas svētku sarīkošanu Jelgavā (1895) un personiski ziedojot četrus tūkstošus zelta rubļu svētku zaudējumu segšanai. Noorganizēja JLB Zemkopības nodaļu, kas vēlāk kļuva par Jelgavas Lauksaimniecības biedrību. Darbojās Kurzemes Biškopības biedrībā, Jelgavas Sarkanā Krusta biedrībā (1887–1914), tās komitejas priekšsēdētājs (1914–1915). Jelgavas pilsētas domes deputāts (1901–1909).

Piedalījās slepenā Krievijas advokātu kongresā 1904. gada rudenī, kur tika apspriestas Krievijas absolūtisma ierobežošanas iespējas, 1905. gada revolūcijas laikā – Latvijas autonomijas projekta izstrādāšanā. Soda ekspedīciju laikā bija advokāts tiesājamiem revolucionārās kustības dalībniekiem, prasot viņu amnestēšanu.

Kā Progresīvās tautas partijas kandidāts blokā ar krieviem un ebrejiem no Kurzemes un Latviešu konstitucionāli demokrātiskās partijas deputāts J. Čakste tika ievēlēts 1. Valsts domē, pievienojoties konstitucionālo demokrātu (kadetu) frakcijai un autonomistu (impērijas tautu autonomijas atbalstītāju) frakcijas programmai (1906). Pēc 1. Valsts domes atlaišanas kopā ar 166 citiem liberāļu un sociālistu deputātiem, arī Jānu Tenisonu (Jaan Tõnisson), vēlāko Igaunijas Valsts vecāko, kurš bija ievēlēts kā Progresīvās tautas partijas kandidāts no Vidzemes, protestēja pret šo imperatora Nikolaja II (Николай II Александрович Романов) prettiesisko rīcību, autonomajā Somijā 09.07.1906. parakstīdams t. s. Viborgas uzsaukumu “Tautai no tautas priekšstāvjiem” ar aicinājumu uz pilsonisko nepakļaušanos – līdz jauna parlamenta sasaukšanai nemaksāt nodokļus, nedot rekrūšus u. c. Par to 1908. gadā J. Čakste uz trīs mēnešiem tika ieslodzīts Jelgavas cietumā un līdz 1913. gadam viņam bija atņemtas tiesības strādāt par redaktoru un ieņemt amatus sabiedriskās un politiskās organizācijās, ieskaitot piedalīšanos Valsts domes vēlēšanās. 1911.–1912. gadā piedalījās nelegālā Krievijas mazākumtautību kongresā.

Sākoties Pirmajam pasaules karam, 17.05.1915. J. Čakste noorganizēja Jelgavas iedzīvotāju svinīgu manifestāciju par godu Vācijas karaspēka uzbrukuma atsišanai, taču nacionālo uzskatu dēļ nebaudīja gubernatora uzticību, kurš jau bija sagatavojis rīkojumu par viņa kā nevēlamas personas izraidīšanu no Baltijas.

Bēgļu gaitās pārcēlās uz Tērbatu. Latviešu bēgļu apgādāšanas organizāciju kongresā 08.1915. Petrogradā J. Čaksti ievēlēja par līdz tam plašākās latviešu pašorganizācijas – Latviešu bēgļu apgādāšanas centrālkomitejas – priekšsēdētāja Viļa Olava vietnieku, pēc viņa nāves 1917. gadā J. Čakste kļuva par tās priekšsēdētāju.

12.1916. šī organizācija nosūtīja J. Čaksti uz Amerikas Savienotajām Valstīm (ASV). Pa ceļam uzturoties Stokholmā līdz 1917. gada Februāra revolūcijai, sarakstīja un izdeva brošūru vācu valodā “Latvieši un viņu Latvija: Kāda latvieša balss” (Die Letten und ihre Latwija: Eine lettische Stimme) par latviešu autonomijas centieniem liberālas un konstitucionālas Krievijas sastāvā un pret Baltijas vācu izcelsmes aristokrātijas vēsturisko tiesību pretenzijām.

J. Čakste iesākto ceļojumu pārtrauca, un 07.05.1917. Kurzemes Zemes sapulcē viņu ievēlēja un pēc tam Pagaidu valdība apstiprināja par guberņas komisāru. J. Čakste pārņēma guberņas kanceleju, ieskaitot lietvedības dokumentus un arhīvus, kurus pēc evakuācijas uz Kazaņu 10.1917. centās paglābt no iznīcības, organizējot guberņas likvidācijas komisiju. 28.05.1917. Tērbatā vadīja pirmo latviešu juristu kongresu.

Līdz ar lielinieku uzvaru Krievijā un Latviešu pagaidu nacionālās padomes (LPNP) nodibināšanos 29.11.1917. J. Čaksti iekļāva delegācijā sūtīšanai uz ārzemēm. Viņš kļuva par LPNP locekli, brauca uz tās sesijām Petrogradā, kur jau 30.01.1918. tika pausta Latvijas neatkarības ideja, iesaistījās LPNP ārlietu nodaļas darbībā, izstrādājot memorandus iesniegšanai Rietumu diplomātiskajām pārstāvniecībām ar protestiem pret vācu aneksijas plāniem, 06.1918. Petrogradā pagrīdes apstākļos vadīja LPNP 3. sesiju.

Lai gan 17.11.1918. LPNP vienojās ar Demokrātisko bloku par iekļaušanos Tautas padomē, 18.11.1918. Latvijas Republikas proklamēšanas aktā vairāki LPNP locekļi (tajā skaitā J. Čakste) nepiedalījās. Vēstures literatūrā šis fakts tiek skaidrots dažādi, ir versija, ka J. Čakste par savu ievēlēšanu uzzināja par vēlu, lai no “Aučiem” paspētu uz proklamēšanas aktu Rīgā. Jau 19.11.1918. viņš uzņēmās Tautas padomes priekšsēdētāja (1918–1920) amatu.

Pēc 23.11.1918. Tautas padomes pilnvarojuma organizēt ārzemēs valsts aizstāvēšanu ieradās Londonā un 1919. gadā Parīzē vadīja Latvijas delegāciju Versaļas miera konferencē. 21.05.1919. J. Čakste delegācijas vadību nodeva Zigfrīdam Annam Meierovicam, no 13.07.1919. atsākot vadīt Tautas padomi Latvijā, faktiski pildīdams parlamenta priekšsēdētāja, valsts galvas un armijas virspavēlnieka pienākumus. Šos amatus viņš pildīja, arī būdams Satversmes sapulces prezidents (1920–1922).

J. Čakste atklāja Satversmes sapulces pirmo sēdi 01.05.1920. un kā pilsonisko partiju kandidāts, autoritatīvākais no demokrātiski noskaņotajiem pilsonības politiķiem tika ievēlēts par tās prezidentu ar 83 balsīm “par”. Šajā laikā J. Čakste bija Latviešu zemnieku savienības biedrs, bet vēlāk Kārļa Ulmaņa autoritārā partijas vadības stila dēļ kopā ar vairākiem citiem pazīstamiem darbiniekiem šo partiju atstāja, pievienodamies Demokrātiskajam centram, piedaloties abās pirmajās Saeimas vēlēšanās no liberālā Demokrātiskā centra saraksta un abos gadījumos tiekot ievēlēts par Valsts prezidentu.

Līdzās valsts galvas pienākumiem J. Čakste bija pirmais starptautisko publisko tiesību docents Latvijas Universitātē (LU) un tās Tautsaimniecības un tiesību zinātņu fakultātes profesors (no 14.11.1919.), Dr. iur. h. c. (LU 28.09.1924.), no 1921. gada lasīja lekcijas valsts tiesībās Akadēmiskajos virsnieku kursos.

Pēc Satversmes sapulces diskusijām par prezidenta institūcijas nepieciešamību un tās pilnvarām pirmajās Valsts prezidenta vēlēšanās 1922. gadā J. Čakstem bija tāda autoritāte, ka viņš bija vienīgais kandidāts un tika ievēlēts ar 92 balsīm, sešiem deputātiem atturoties. Otrreiz 1925. gadā ar 60 balsīm par J. Čakstes ievēlēšanu balsoja centra partijas, sociāldemokrāti un mazākumtautību deputāti.

1925. gadā J. Čakste Tallinā un Rīgā tikās ar Igaunijas Valsts vecāko Jiri Jāksonu (Jüri Jaakson), 1926. gadā Helsinkos un Rīgā – ar Somijas Valsts prezidentu Lauri Relanderu (Lauri Kristian Relander).

Būdams Valsts prezidents, presē publicēja “Diskrētu lūgumu mūsu tautietēm” par latviešu demogrāfiju (1922), izstrādāja savu starptautisko tiesību redzējumu (raksts “Tautu biedrība”, 1926), uzstājās ar goda doktora runu “Lietpratība, viņas nozīme un svars valsts un zinātniskajā dzīvē” LU (1924) un referātu “Kompetences jautājums demokrātijā” savā akadēmiskajā mūža organizācijā “Austrums” (1926). Sūtņu akreditācijas rakstus pieņēma, runājot franciski, brīvi pārvaldīja arī vācu, krievu un latīņu valodu.

J. Čakste tiek uzskatīts par Latvijas Satversmes un tiesiskās valsts radītāju; viņa nozīmīgākie darbi ir demokrātiskas, tiesiskas valsts izveidošanā, valsts starptautiskajā atzīšanā, attiecību ar Igauniju nostiprināšanā. J. Čakstem piemita prasme saliedēt sabiedrību, kā dēļ viņš ieguva lielu autoritāti miera laikos. Prezidenta amatā J. Čakste izcēlās ar spēju stāvēt pāri partijām un saglabāt iespējamo objektivitāti, piemēram, 04.1926. apžēlojot par valsts nodevību notiesāto Andrievu Niedru, kuru J. Čakste neuzskatīja par tautas nodevēju, lai gan agrārās reformas un Baltijas vācu muižniecības nākotnes lomas jautājumos viņi bija politiskie pretinieki. Trīs reizes atgrieza Saeimai tās pieņemtos likumus otrreizējai caurlūkošanai.

Galvenais J. Čakstes rakstītais princips bija: “Gribēt, ko var, varēt, ko grib.” Mērenības un evolūcijas apvienojums ar konsekventu sekošanu 18. novembra demokrātijas vērtību orientieriem padarīja J. Čaksti par liberālās demokrātijas paraugpārstāvi. Viņam bija raksturīga objektivitāte un miers, praktiska parlamentāra un sarunu vešanas izveicība un atjautība, spēja uztvert un apvienot dažādas domas. Ar latvisku pašapziņu, toleranci un taisnīgumu J. Čakste veicinājis dažādu šķiru un mazākumtautību lojalitāti Latvijas valstij. J. Čakstes izvadīšanai sarīkoto valsts bēru gājienā uz Meža kapiem piedalījās 50 tūkstoši, pavisam bēru svinībās Rīgā – vairāk nekā 200 tūkstoši cilvēku.

Ārpus darba pienākumiem J. Čakstem tuva bija gan saviesīgā sadzīve (viņa paustais princips “Ja reiz rīko, tad jārīko skaisti!”), gan pilsoniskā sabiedrība (“Mūsu valsts izaugusi no biedrībām.”). Bija aizrautīgs dziedātājs, garšīgas alus glāzes un labas tabakas cienītājs, kaislīgs mednieks.

J. Čakste apbalvots ar Triju Zvaigžņu ordeni, I šķira (1925) un Beļģijas Leopolda II ordeni (Ordre de Leopold II).

1998. gadā Šveicē Jungfraujohas kalnā atklātajā Brīvības zālē, kas veltīta 100 pasaules demokrātiem, iekļāva arī J. Čakstes vārdu. Rīgā ir Jāņa Čakstes gatve, Jelgavā – Jāņa Čakstes bulvāris, Liepājā – Jāņa Čakstes laukums, Dobelē un Siguldā – Jāņa Čakstes iela. Pils laukums Rīgā 1928. gadā līdz padomju okupācijai 1941. gadā bija pārdēvēts par Jāņa Čakstes laukumu. Ģederta Eliasa Jelgavas Vēstures un mākslas muzejā iekārtota J. Čakstes piemiņas ekspozīcija (1999), pie muzeja ir piemiņas plāksne (kopš 1994. gada). Šīs ēkas priekšā 1930. gadā viņam atklāja pieminekli (tēlnieks Kārlis Jansons), kas tika daļēji nopostīts Otrajā pasaules karā, demontēts padomju okupācijas laikā 1949. gadā.

Bijušajā "Auču" kalpu mājā iekārtota jauna memoriālā muzeja ekspozīcija – Jāņa Čakstes māja (2018). Maskavā, Mohovaja ielā 9, kur J. Čakste studēja, Latvijas pārstāvji kopš 2002. gada oficiāli rosina novietot viņam piemiņas plāksni kā Maskavas Universitātes absolventam un pirmajam Latvijas Valsts prezidentam, kurš studējis šajā ēkā. Lai apkopotu un pētītu J. Čakstes politisko mantojumu un demokrātiskas Latvijas valsts izveidošanas pieredzi, 08.03.1996. dibināts Jāņa Čakstes Demokrātijas veicināšanas fonds, kas darbību turpināja kā Jāņa Čakstes Demokrātijas veicināšanas un ilgtspējīgas attīstības biedrība (kopš 2016. gada – Čakstes biedrība). 

J. Čakstes kapavietu Meža kapos rotā K. Jansona veidots piemineklis (1935). J. Čakstes piemineklis atrodas arī Jelgavā (2003, tēlniece Arta Dumpe). Bernātos pēc prezidenta vizītes kopš 1926. gada saglabājusies J. Čakstes piemiņas zīme. Valsts prezidenta bēru dienā 18.03.1927. dzejnieks Kārlis Skalbe publicēja dzejoli “Jāņa Čakstes piemiņai”. Sava veida politiskas demonstrācijas padomju okupētajā Latvijā bija mirušo piemiņas dienas svecīšu vakari pie J. Čakstes kapa pieminekļa.