Profesionālā darbība teātrī, nozīmīgākās lomas Viena no pirmajām nozīmīgajām lomām J. Paukštello bija Džo Ferone Nikolasa Bēra (Nicholas E. Baehr) darbā “Incidents” (The Incident, 1976, režisors Juris Strenga). Kaut arī A. Liniņš bija J. Paukštello skolotājs gan Tautas kinoaktieru studijā, gan Dailes teātra Piektajā studijā, režisora iestudējumos aktierim apjomīgu lomu bija maz. Lielais izņēmums, J. Paukštello aktiermākslas virsotne un daiļrades nozīmīgākā loma bija Jāzeps Raiņa traģēdijā “Jāzeps un viņa brāļi” (1981, inscenētājs A. Liniņš, režisore A. Matīsa). Šo lomu J. Paukštello mēģināja trešajā sastāvā pēc Vara Vētras un Pētera Gaudiņa, taču nospēlēja visvairāk izrāžu. Viņa Jāzepu raksturoja gara spēks un sava mērķa apziņa, kas atklājās ārēji lakoniskā, precīzā iekšējā darbībā. J. Paukštello Asnate lielākoties bija Akvelīna Līvmane, ar kuru aktieris bija iepazinies jau kinoaktieru studijā.
Ar režisoru Kārli Auškāpu J. Paukštello vienoja personības garīgās dzīves procesu atklāsme, un aktieris daudz spēlējis viņa veidotajās izrādēs. Viņš bija Tiltils Morisa Māterlinka (Maurice Polydore Marie Bernard Maeterlinck) lugā “Zilais putns” (L’Oiseau bleu, 1982), Valdnieka sāncensis Rabindranata Tagores (রবীন্দ্রনাথ ঠাকুর) filozofiskajā drāmā “Tumšā mitekļa valdnieks” (রাজা, 1986, režisors arī J. Strenga), Kurts Augusta Strindberga (Johan August Strindberg) lugā “Nāves deja” (Dödsdansen, 1987, režisors arī J. Strenga), Lamberts Anšlava Eglīša lugā “Kazanovas mētelis” (1989), Lords Vindermīrs Oskara Vailda (Oscar Fingal O’Fflahertie Wills Wilde) lugā “Lēdijas Vindermīres vēdeklis” (Lady Windermere’s Fan, 1992, režisors arī J. Strenga), Maiks Braiena Frīla (Brian Patrick Friel) lugā “Dejas Lūnasas svētkos” (Dancing at Lughnasa, 1993, režisors arī J. Strenga), Falstafs Mārtiņa Zīverta lugā “Āksts” (2000).
Nozīmīgas lomas bija arī Miķelis Ārija Geikina lugā “Putenī” (1978, režisors J. Strenga), Mikus Rūdolfa Blaumaņa drāmā “Pazudušais dēls” (1983, režisors Varis Vētra), Antiņš Raiņa lugā “Zelta zirgs” (1990, režisors Arnis Ozols) – stipra gara cilvēks, kas apzinās sava grūtā ceļa nolemtību, Johanness Rosmerss H. Ibsena lugā “Rosmersholma” (Rosmersholm, 1992, režisore Māra Ķimele), Vīskrelis R. Blaumaņa drāmā “Ugunī” (1994, režisors Juris Kalniņš).
Komiskas nokrāsas J. Paukštello spēlē parādījās spēlētajās raksturlomās: Ērce Hansa Kristiana Andersena (Hans Christian Andersen), R. Paula, Māras Zālītes mūziklā “Meža gulbji” (1995, režisors A. Ozols; 2005, režisori Valdis Liepiņš un Rēzija Kalniņa), Fransisa Vebēra (Francis Paul Veber) komēdijā “Viesības idiotiem” (Le Dȋner de Cons, 1997, režisors A. Ozols), artistiski traģikomiskais Hermanis M. Zālītes lugā “Zemes nodoklis” (2003, režisors J. Strenga) partnerībā ar Ilzi Vazdiku. Nozīmīgas lomas bija arī Džonatans Džeremijs Pīčems Bertolta Brehta (Eugen Bertolt Friedrich Brecht) un Kurta Veila (Kurt Julian Weill) darbā “Trīsgrašu opera” (Die Dreigroschenoper, 1997, režisors A. Ozols), Fredijs Robēra Tomā (Robert Thomas) darbā “Fredijs” (Freddy, 1997, režisors A. Liniņš), Vilis Olektiņš Ulda Marhileviča, M. Zālītes dziesmu spēlē “Tobāgo!” (2001, režisors V. Liepiņš), Kuzovkins Ivana Turgeņeva (Иван Сергеевич Тургенев) komēdijā “Liekēdis” (Нахлебник, 2002, režisors Mihails Gruzdovs), Lielais Burvis Ozs Valta Pūces, Pētera Brūvera mūziklā pēc Laimena Frenka Bauma (Lymen Frank Baum) darba motīviem “Burvis no Oza zemes” (The Wonderful Wizard of Oz, 2004, režisors K. Auškāps), Dovres vecis M. Zālītes lugā “Pērs Gints nav mājās” (2007, režisors M. Gruzdovs), Karalis Ignācijs Vitolda Gombroviča (Witold Marian Gombrowicz) lugā “Ivonna, Burgundijas princese” (Iwona, księżniczka Burgunda, 2007, režisors Romāns Kozaks, Роман Ефимович Козак), Roberts Šusters Tomasa Bernharda (Nicolaas Thomas Bernhard) lugā “Varoņu laukums” (Heldenplatz, 2008, režisors Viesturs Kairišs), Mācītājs M. Zālītes, U. Marhileviča muzikālajā izrādē “Priekules Ikars” (2009, režisors M. Gruzdovs), Ģenerālis Fjodora Dostojevska (Фёдор Михайлович Достоевский) darbā “Spēlmanis. Kūrorta piedzīvojumi” (Игрок, 2009, režisors R. Kozaks), Teodors Seskis Jāņa Lūsēna, Egila Zirņa mūziklā pēc Pāvila Rozīša darba motīviem “Ceplis” (2010, režisors Rolands Atkočūns, Rolandas Atkočiūnas), Ābrams R. Blaumaņa komēdijā “Zagļi” (2011, režisors K. Auškāps), Aktieris Gundara Caukas darbā “Vīrietis Smiļģis” (2011, režisors G. Cauka).
J. Paukštello piemītošo smalko dzejas izjūtu skatītāji varēja izbaudīt Jāņa Petera 70 gadu jubilejas dzejas uzvedumā “Nakts pēc tautasdziesmas” (2009, režisors V. Liepiņš). Savukārt, savā 60 gadu jubilejas izrādē “Tintē, bet balts” (2011, režisors J. Strenga) J. Paukštello ļāva izskanēt latviešu tautas dziesmu un tautas dzejnieku rakstītajiem vārdiem.
J. Paukštello bija arī Monteki V. Šekspīra traģēdijā “Romeo un Džuljeta” (Romeo and Juliet, 2012, režisors Dž. Dž. Džilindžers), Klumpočs Ādolfa Alunāna un R. Paula dziesmu spēlē “Džons Neilands” (2012, režisors K. Auškāps), Teiresijs Sofokla traģēdijā “Antigone” (2013, režisors M. Gruzdovs), smeldzes pārpilnais ģenerālis Jakovs Mihailovičs Anosovs Aleksandra Kuprina (Александр Иванович Куприн) darbā “Granātu krāsas aproce” (Гранатовый браслет, 2016, režisors M. Gruzdovs). Kopš 2017. gada J. Paukštello vairs nav Dailes teātra štatā, bet atgriezās uz teātra skatuves ar lomu Raiņa dzejas izrādē “Čūsku vārdi” (2023, režisors Juris Jonelis).
Ārpus Dailes teātra J. Paukštello bija Opis Ingas Ābeles lugā “Tumšie brieži” (2001, režisors V. Kairišs) un Kamals Aleksandra Stinga (Александр Стинг), īstajā vārdā Nikolajs Jakimčuks, Николай Александрович Якимчук) lugā “Dārznieks Kamals” (Садовник Камаль, 2006, režisors Dž. Dž. Džilindžers) Jaunajā Rīgas teātrī, kā arī Dakteris Lūsis Ā. Alunāna lugā “Sādžu dakteris” (2004, režisors Varis Brasla) Valmieras drāmas teātrī.
Daudzus gadus Latvijas Kristīgajā radio raidījumā “Dārgumi katrai dienai” J. Paukštello ierunāja amerikāņu mācītāja Brūsa Hesa (Bruce A. Hess) lekcijas par evaņģēlijiem.
1978. gada 8. martā, apsveicot Dailes teātra sievietes, aktieri Ivars Kalniņš, V. Vētra, Andris Bērziņš un J. Paukštello izveidoja muzikālo ansambli, kuram komponists R. Pauls piedāvāja izveidot programmu un izdomāja nosaukumu “Mūžīgais unisons”. Dailes teātra dziedošo aktieru apvienība kļuva ļoti populāra, sniedzot koncertus visā Latvijā. Viņu darbība iemūžināta televīzijas filmā “Četri ap uguni” (1981, režisore Maruta Jurjāne). Četrotne atkal satikās Imanta Ziedoņa jubilejas vakarā koncertizrādē “Attīstību veicinās cilvēki, kas sveicinās” Dailes teātrī (2003, režisors V. Liepiņš).
Pirmais muzikālais ieraksts, kurā piedalījās J. Paukštello, bija televīzijas muzikālā Jaungada nakts uzvedumā (1980, režisore Svetlana Rudzīte), kur aktieris nodziedāja R. Paula dziesmu “Rozīt mana, nātru dārzā”. Pēc tam R. Pauls uzrakstīja J. Paukštello dziesmu “Cielaviņa”, kas kļuva ļoti populāra un uzvarēja 1982. gada raidījuma “Mikrofons” dziesmu aptaujā.
1997. gadā J. Paukštello izveidojās duets ar Hariju Spanovski – sākotnēji kā daļa no Jaunās partijas kampaņas pirms 7. Saeimas vēlēšanām, kopā ar R. Paulu, kas sarakstīja duetam dziesmas. Aktieru duets koncertēja ilgus gadus, piedaloties daudzās koncertprogrammās un R. Paula ziņģu festivālos. H. Spanovskis, A. Bērziņš un J. Paukštello uzstājās arī R. Paula ceremonijorķestra programmā “Miers un bērziņš!” (2012, režisors V. Liepiņš) Dailes teātrī.