Pēc valstiskās neatkarības atgūšanas (kopš 1991. gada) Kopš Latvijas valstiskās neatkarības atjaunošanas 1991. gadā norisinājies darbietilpīgs arheoloģijas zinātnisko organizāciju reformu process un zināmu funkciju pārdale decentralizācijas virzienā. Kopš 1992. gada arheoloģiskās izpētes atļaujas izdod Valsts kultūras pieminekļu aizsardzības inspekcija (kopš 2018. gada Nacionālā kultūras mantojuma pārvalde). Tā glabāja arī izrakumu pārskatus. Notika atgriešanās pie idejas par muzeju kā galveno arheoloģisko materiālu krātuvi. 2003. gadā Latvijas vēstures institūts nodeva savas arheoloģiskās kolekcijas Latvijas Vēstures muzejam un Rīgas Vēstures un kuģniecības muzejam. Atsākās speciālistu sagatavošana Latvijas Universitātē. Jauna iezīme bija arī privātu organizāciju ienākšana pieminekļu izrakumu darbā.
1994. gadā tika nodibināta un pēc darbības panīkuma 2009. gadā tika atjaunota Latvijas Arheologu biedrība, kas apvieno arheologus un ar arheoloģiju saistītu iestāžu darbiniekus. Biedrības galvenie uzdevumi ir veicināt Latvijas arheoloģijas attīstību un pētniecību, aizsargāt un popularizēt Latvijas arheoloģijas pieminekļus, rūpēties par arheologu piemiņas saglabāšanu. Jaunā biedrība Rīgā 1996. gadā sarīkoja Eiropas Arheologu asociācijas (European Association of Archaeologists, EAA) 2. kongresu. Ar Latvijas Arheologu biedrības līdzdarbību aizsākušās tādas aktivitātes kā arheologu plenēri, atbalsts jauno zinātnieku ārzemju komandējumiem, radioaktīvā oglekļa datēšanas (14C) analīžu apmaksa, Eiropas kultūras mantojuma dienām veltītie pasākumi “Gada arheoloģiskais piemineklis” u. c.
Latvijas arheologi ir pārvarējuši iepriekšējā posma starptautiskās izolācijas sekas un iekļāvušies Eiropas arheoloģijas dzīvē. Nodibinājušies cieši kontakti ar daudzu valstu zinātniekiem. Par to liecina gan piedalīšanās konferencēs ārzemēs, gan tādu rīkošana Latvijā. Šajā sakarā atzīmējama E. Šturma simtgadei veltītā Latvijas vēstures institūta konference “Akmens un bronzas laikmeta pētījumi Baltijas reģionā” 1995. gadā Rīgā, “Arheoloģija un laiks. Profesoram F. Balodim – 125” 2007. gadā Rīgā, “No apmetnēm līdz mūra pilīm: dzīvesvietas cauri laikmetiem. Arheologam Adolfam Stubavam – 100” 2013. gadā Rīgā, Gotlandes Universitātes koledžas (Högskolan på Gotland, tagad Upsālas Universitātes Gotlandes komplekss, Uppsala universitet – Campus Gotland) Baltijas studiju centra (Centre for Baltic Studies) projekta “Kultūru sadursme vai kompromiss” (Culture Clash or Compromise) ietvaros notikusī konference Talsos 1998. gadā, Latvijas Nacionālā vēstures muzeja konferences “Zemgaļi” 2003. gadā, “Sēļi” 2005. gadā, “Kurši” 2008. gadā Rīgā u. c.
Nozīmīgs darbs veikts arheoloģiskā materiāla popularizēšanā izstāžu formā. Latvijas senlietas ir bijušas iekļautas nozīmīgās starptautiskās ekspozīcijās. Piemēram, izstāde “No vikingiem līdz krustnešiem” (From Viking to Crusader), kas tika eksponēta Parīzē, Berlīnē, Kopenhāgenā 1992.–1993. gadā. Atzīmējamas Latvijas Nacionālā vēstures muzeja rīkotās plašās izstādes Stokholmā, Valsts Vēstures muzejā (Statens historiska museer) 1991. gadā; Maskavā, Valsts vēstures muzejā (Государственный исторический музей) 1998. gadā; Parīzē, Cilvēka muzejā (Musée de l’Homme) 2001. gadā; Varšavas Valsts arheoloģijas muzejā (Państwowe Muzeum Archeologiczne w Warszawie) 2007. gadā; Brandenburgas zemes arheoloģijas muzejā (Archäologisches Landesmuseum Brandenburg) 2008. gadā un Šlēzvigas-Holšteinas zemes muzeju (Schleswig-Holsteinische Landesmuseen) Gotorfas pils Arheoloģijas muzejā (Museum für Archäologie Schloss Gottorf) Šlēzvigā 2009. gadā; Minskā, Baltkrievijas Nacionālajā vēstures muzejā (Нацыянальны гістарычны музей Рэспублікі Беларусь) 2015. gadā.
Arheoloģisko izrakumu skaits un apjoms ir svārstīgs. To cikliska pieauguma tendences pamatā ir nepieciešamība pēc aizsardzības darbiem saimniecisko aktivitāšu vietās. Tīri zinātniska rakstura izrakumu skaits ir ļoti mazs – gandrīz vienīgie bija Latvijas Universitātes Vēstures un filozofijas fakultātes ar Valsts Kultūrkapitāla fonda atbalstu organizētie izrakumi vairākās Latvijas rietumdaļas vietās Andrejs Vaska vadībā. Atbilstoši jaunajai situācijai radusies jauna finansēšanas sistēma, – ir daudzveidojušies naudas avoti un pastāv konkurence. Vairums aizsardzības izrakumu tiek veikts viduslaiku pieminekļos, kas saistīts ar būvniecības aktivitātēm pilsētu aizsargājamajās zonās.
Jau 1992. gadā, ņemot vērā privātīpašuma atjaunošanu, tika pieņemts jauns Likums par kultūras pieminekļu aizsardzību. Laika gaitā tas piedzīvojis vairākas izmaiņas. Likuma īstenošanā nozīmīgs dokuments ir īpaši Ministru kabineta noteikumi. Šobrīd (2026. gada pavasarī) spēkā ir 2003. gada Noteikumi par kultūras pieminekļu uzskaiti, aizsardzību,izmantošanu un restaurāciju, valsts pirmpirkuma tiesībām un vidi degradējoša statusa piešķiršanu.
2026. gada pavasarī valsts aizsardzības uzskaitē ir 2519 arheoloģiskie pieminekļi. Tos iedala valsts un vietējas nozīmes pieminekļos. Pie valsts nozīmes pieminekļiem pieder senvietas (līdz 13. gs. ieskaitot), pilis, to vietas, nocietinājumi (līdz 17. gs. ieskaitot), pilsētu vēsturiskie kultūrslāņi (līdz 18. gs. ieskaitot), senās kulta vietas, kas radītas, pārveidojot reljefu, un par kurām ir ziņas sakarā ar atradumiem vai kultūrslāni tajās (līdz 18. gs. ieskaitot), nogrimuši kuģi (vecāki par 50 gadiem) un to kravas, kurām ir izcila zinātniska, kultūrvēsturiska vai izglītojoša nozīme. Savukārt pie vietējas nozīmes pieminekļiem pieder 14.–18. gs. kapsētas, 14.–18. gs. apmetnes un ciemu vietas, kapulauki (līdz 18. gs. ieskaitot), senās kulta vietas, kas radītas, pārveidojot reljefu, un par kurām ir ziņas sakarā ar atradumiem vai kultūrslāni tajās, kapelu un baznīcu vietas (līdz 19. gs. ieskaitot), 14.–19. gs. saimnieciskās darbības vietas, 14.–19. gs. ceļu posmi ar arheoloģisku nozīmi, kauju vietas, kanāli, militāra rakstura būves un citi zemes nocietinājumi vai to paliekas, kuriem ir zinātniska, kultūrvēsturiska vai izglītojoša nozīme.
No pētījumiem akmens laikmeta pieminekļos atzīmējami Ilzes Birutas Lozes izrakumi 1993., 1995.–1998., 2001. gadā Ģipkas apmetnē, 2009. gadā Suļkas apmetnē, Ilgas Zagorskas 1998., 2000. gada izrakumi Ziedoņskolas apmetnē, 2005.–2007., 2009. gada izrakumi Zvejnieku kapulaukā un apmetnē, Valda Bērziņa izrakumi 1998. un 2000. gadā Vendzenes apmetnē, Normunda Graša un Egitas Ziediņas izrakumi 2001. gadā Celmu apmetnē u. c.
Ieverības cienīgi rezultāti iegūti bronzas laikmeta pieminekļos. A. Vaska vadībā 1999. gadā veikti izrakumi Bīlavu kapulaukā. To gaitā tika rekonstruēta viena no t. s. “velna laivām” – ienācēju no Gotlandes apbedīšanas pieminekļiem. 2000. gadā A. Vaska pētījumos Rendas kapulaukā noskaidrots, ka attiecīgais piemineklis pieskaitāms akmens krāvuma senkapiem, nevis “velna laivām”.
No pētījumiem dzelzs laikmeta pieminekļos minami Jura Urtāna izrakumi Gaideļu–Viduču kapulaukā 1992.–1994. gadā un Gunta Zemīša izrakumi 2002.–2004. gadā, Roberta Spirģa izrakumi Kābeļu kapulaukā 2000. gadā un 2007.–2008. gadā Čabu kapulaukā, Mārtiņa Lūsēna izrakumi Jāču kapulaukā 2002. un 2003. gadā, Lapsu kapulaukā 2015. gadā, Dreņģeru–Čunkānu kapulaukā 2010. gadā, Sandras Zirnes izrakumi Smoņu kapulaukā 2002. un 2003. gadā, Antonijas Vilcānes izrakumi Brīveru kapulaukā 2004.–2007. gadā, Vitolda Muižnieka un Normunda Jēruma izrakumi Ķūru kapulaukā 2007. gadā, Jāņa Asara izrakumi Tukuma pilskalnā un apmetnē 1999. un 2000. gadā, J. Asara un A. Vaska izrakumi Padures (Beltu) pilskalnā un apmetnē 2003. gadā un A. Vaska vadībā 2005.–2007. gadā, A. Vaska un Elīnas Guščikas izrakumi 2008. un 2009. gadā Mežītes pilskalnā un Mežītes kapulaukā, A. Vaska un Innas Lazdiņas izrakumi Mežītes pilskalna apmetnē 2010.–2011. gadā, E. Guščikas izrakumi Mežītes kapulaukā 2010.–2011. gadā un Rubiķu sila kapulaukā 2013. gadā, Īles meža kapulaukā 2014. gadā, Ķoderu pilskalnā 2015. gadā, Ināras Kunigas izrakumi Rušenicas pilskalnā 2002.–2010. gadā un Ķīšukalna pilskalnā 2015. gadā, G. Zemīša izrakumi Satezeles pilskalnā 2005.–2006. gadā, Ulda Kalēja izrakumi Asaru II senkapos 2014. gadā u. c.
Plašāki izrakumi viduslaiku pieminekļos veikti Mārtiņa Rušas vadībā 1991.–2000., 2010. gadā Kokneses pilsdrupās, Jāņa Cigļa un G. Zemīša vadībā Rīgas pilī 1994.–1995. gadā un J. Cigļa un I. Melnes vadībā 2001.–2003. gadā, J. Cigļa un Artūra Tomsona vadībā 2008. gadā, Ritvara Rituma, J. Cigļa un N. Graša vadībā Ventspils vecpilsētā 2000. un 2001. gadā, Andra Celmiņa vadībā 1994.–2000. gadā Rīgas Doma kapsētā, V. Muižnieka un Armanda Vijupa vadībā 2001.–2002. gadā Lejaskroga kapsētā, 2003. gadā Užavas kapsētā, Ilzes Melnes vadībā 2006.–2007. gadā Veselavas kapsētā, Zigrīdas Apalas vadībā Cēsu vecpilsētā 2011. gadā, M. Lūsēna vadībā Aizkraukles baznīcas vietā 2011. gadā, Kuldīgas vecpilsētā 2010.–2013. gadā, Kobronskansts vietā 2014. gadā, Andra Šnē izrakumi Kobronskansta vietā 2010.–2011. gadā, Ilzes Mālkalnietes un V. Muižnieka izrakumi Rundāles pils vietā 2013. gadā un I. Mālkalnietes vadībā 2015. gadā, V. Muižnieka vadībā Ropažu pilsdrupās 2012. gadā, S. Zirnes izrakumi Raunas pilsdrupās 2007., 2010.–2012. gadā, Rūdolfa Brūža un Gunitas Zariņas vadībā Kazdangas pils parka kapsētā 2015. gadā u. c.
Panākumi gūti eksperimentālajā arheoloģijā. Ievērojams sasniegums ir Āraišu ezermītnes rekonstrukcija. Jāņa Apala vadībā 9.–10. gs. latgaļu dzīvesvietas jaunceltniecībā tika izmantotas hronoloģiski atbilstošu darbarīku kopijas un pārbaudīti seni darba paņēmieni. Baiba Dumpe pievērsusies māla trauku darināšanas paņēmienu izpētei, radot rekonstrukcijas. Kopā ar V. Bērziņu viņi eksperimentāli pārbaudījuši ēdiena gatavošanas paņēmienus, lietojot neolīta laika trauku kopijas. Dagnija Svarāne un Daumants Kalniņš pētījuši un praktiski pārbaudījuši seno rotkaļu darba paņēmienus. Eksperimentālajā arheoloģijā aktīvi darbojas A. Tomsons.
Pilnveidojušies un daudzveidojušies pieminekļu apzināšanas paņēmieni. Plašāku pielietojumu ieguvuši zemūdens darbi. 1993.–1994. gadā Voldemārs Rains un J. Apals pārbaudīja ezermītnes. Apzināti arī nogrimušu kuģu vraki un veikti citi pētījumi. J. Urtāna vadībā uzsākta pieminekļu gaisa fotografēšana, bet R. Ritvara vadībā – fosfātu analīžu pielietošana pieminekļu atrašanā un to robežu noteikšanā.
Turpinās citu zinātņu pielietojums arheoloģiskā materiāla izzināšanā un interpretācijā. Guntis Gerhards un Gunita Zariņa veikuši nozīmīgus pētījumus bioarheoloģijā, bet M. Zunde izstrādājis dendrohronoloģisko skalu.